10 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0011 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0011  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 203 bp  402  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.364566 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0050    95.38 
 
 		 209 bp  105  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193277  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0049    89.86 
 
 		 208 bp  73.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.127314  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0036    88.41 
 
 		 209 bp  65.9  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4259  hypothetical protein  100 
 
 		 243 bp  63.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.367315 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0072  Cobalamin riboswitch  97.06 
 
 		 214 bp  60  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.944702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0020    94.12 
 
 		 199 bp  52  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216421  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0063    94.12 
 
 		 206 bp  52  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0012  Cobalamin riboswitch  84.27 
 
 		 198 bp  50.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.414583  normal  0.873584 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0034    96.43 
 
 		 189 bp  48.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00364064  hitchhiker  0.00265886 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>