15 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0043 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0043  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 218 bp  432  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.649005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0023  Cobalamin riboswitch  96.77 
 
 		 209 bp  54  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.568613  normal  0.0699635 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0024  Cobalamin riboswitch  94.12 
 
 		 201 bp  52  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0727138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0050    100 
 
 		 209 bp  50.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193277  normal  0.586253 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0046    96.55 
 
 		 256 bp  50.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0020    96.43 
 
 		 199 bp  48.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216421  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0035    100 
 
 		 216 bp  48.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0017  Cobalamin riboswitch  96.3 
 
 		 193 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0072  Cobalamin riboswitch  96.3 
 
 		 214 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.944702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0030    96.3 
 
 		 224 bp  46.1  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00718589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0033    93.55 
 
 		 209 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0045    96.3 
 
 		 198 bp  46.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0077    100 
 
 		 194 bp  46.1  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA2  Cobalamin  96.3 
 
 		 215 bp  46.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5021  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (iron)  100 
 
 		 1155 bp  46.1  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0722878  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>