26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0023 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0023  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 209 bp  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.568613  normal  0.0699635 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0025    94.2 
 
 		 212 bp  105  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.378241  normal  0.0216252 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0062    83.78 
 
 		 213 bp  95.6  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.743269  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0033    93.48 
 
 		 209 bp  67.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0024  Cobalamin riboswitch  93.18 
 
 		 201 bp  63.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0727138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0035    95 
 
 		 216 bp  63.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0061    90.2 
 
 		 223 bp  61.9  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0060    97.14 
 
 		 205 bp  61.9  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0034    100 
 
 		 189 bp  56  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00364064  hitchhiker  0.00265886 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0043  Cobalamin riboswitch  96.77 
 
 		 218 bp  54  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.649005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0020    96.55 
 
 		 199 bp  50.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216421  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA2  Cobalamin  96.55 
 
 		 215 bp  50.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0011    93.75 
 
 		 212 bp  48.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0072  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 214 bp  48.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.944702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0049    100 
 
 		 208 bp  48.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.127314  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0026  Cobalamin riboswitch  96.43 
 
 		 216 bp  48.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0077    96.43 
 
 		 194 bp  48.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0018    96.3 
 
 		 222 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.715719  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0757  hypothetical protein  100 
 
 		 417 bp  46.1  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0616812  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0036    100 
 
 		 209 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0045    100 
 
 		 198 bp  46.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0041  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 213 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0063    100 
 
 		 206 bp  46.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0047    96.3 
 
 		 204 bp  46.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0019    100 
 
 		 215 bp  46.1  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.267707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3281  hypothetical protein  93.55 
 
 		 579 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>