28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0033 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_R0033    100 
 
 		 209 bp  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0047    92.86 
 
 		 204 bp  79.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0061    95.74 
 
 		 223 bp  77.8  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0024  Cobalamin riboswitch  91.23 
 
 		 201 bp  73.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0727138 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0062    97.5 
 
 		 213 bp  71.9  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.743269  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0023  Cobalamin riboswitch  93.48 
 
 		 209 bp  67.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.568613  normal  0.0699635 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0025    97.06 
 
 		 212 bp  60  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.378241  normal  0.0216252 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0060    96.97 
 
 		 205 bp  58  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0020    100 
 
 		 199 bp  56  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216421  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0035    92.5 
 
 		 216 bp  56  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0017    94.44 
 
 		 209 bp  56  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA2  Cobalamin  100 
 
 		 215 bp  52  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0045    100 
 
 		 198 bp  52  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0041  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 213 bp  52  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0017  Cobalamin riboswitch  92.11 
 
 		 193 bp  52  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0018    93.94 
 
 		 222 bp  50.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.715719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0046    96.55 
 
 		 256 bp  50.1  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2207  hypothetical protein  96.43 
 
 		 267 bp  48.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.390412  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0063    100 
 
 		 206 bp  48.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0034    85.71 
 
 		 189 bp  48.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00364064  hitchhiker  0.00265886 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5021  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (iron)  96.3 
 
 		 1155 bp  46.1  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0722878  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA3  Cobalamin  96.3 
 
 		 194 bp  46.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0139315  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0757  hypothetical protein  100 
 
 		 417 bp  46.1  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0616812  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25940  hypothetical protein  96.3 
 
 		 1095 bp  46.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00053463  normal  0.0606013 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0049    100 
 
 		 208 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.127314  normal  0.581672 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0036    100 
 
 		 209 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0072  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 214 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.944702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0043  Cobalamin riboswitch  93.55 
 
 		 218 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.649005  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>