17 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0035 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_R0035    100 
 
 		 216 bp  428  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0062    97.37 
 
 		 213 bp  67.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.743269  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0023  Cobalamin riboswitch  95 
 
 		 209 bp  63.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.568613  normal  0.0699635 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0025    94.44 
 
 		 212 bp  56  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.378241  normal  0.0216252 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0033    92.5 
 
 		 209 bp  56  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0077    96.88 
 
 		 194 bp  56  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0024  Cobalamin riboswitch  94.29 
 
 		 201 bp  54  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0727138 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0061    94.12 
 
 		 223 bp  52  0.00006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5655  Cobalamin-2  96.55 
 
 		 225 bp  50.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0290608  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0041  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 213 bp  50.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0020    96.55 
 
 		 199 bp  50.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216421  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0017  Cobalamin riboswitch  96.43 
 
 		 193 bp  48.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA2  Cobalamin  93.75 
 
 		 215 bp  48.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0043  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 218 bp  48.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.649005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0035    93.55 
 
 		 192 bp  46.1  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0639665  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0060    91.43 
 
 		 205 bp  46.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA3  Cobalamin  96.3 
 
 		 194 bp  46.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0139315  normal  0.92315 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>