16 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0024 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0024  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 201 bp  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0727138 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0033    91.23 
 
 		 209 bp  73.8  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0047    90.91 
 
 		 204 bp  69.9  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0023  Cobalamin riboswitch  93.18 
 
 		 209 bp  63.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.568613  normal  0.0699635 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0025    92.86 
 
 		 212 bp  60  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.378241  normal  0.0216252 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2207  hypothetical protein  100 
 
 		 267 bp  60  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.390412  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0035    94.29 
 
 		 216 bp  54  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0043  Cobalamin riboswitch  94.12 
 
 		 218 bp  52  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.649005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0041  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 213 bp  50.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0020    96.55 
 
 		 199 bp  50.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216421  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0061    93.94 
 
 		 223 bp  50.1  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0046    96.55 
 
 		 256 bp  50.1  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0060    91.43 
 
 		 205 bp  46.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0062    91.43 
 
 		 213 bp  46.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.743269  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA2  Cobalamin  96.3 
 
 		 215 bp  46.1  0.004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5021  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (iron)  96.3 
 
 		 1155 bp  46.1  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0722878  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>