18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0017 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_R0017  Cobalamin riboswitch  100 
 
 		 193 bp  383  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0018    89.86 
 
 		 222 bp  81.8  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.715719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0046    93.62 
 
 		 256 bp  69.9  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0020    88.68 
 
 		 199 bp  58  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216421  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0077    100 
 
 		 194 bp  56  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0033    92.11 
 
 		 209 bp  52  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0062    88 
 
 		 213 bp  52  0.00006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.743269  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0072  Cobalamin riboswitch  87.76 
 
 		 214 bp  50.1  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.944702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0061    93.94 
 
 		 223 bp  50.1  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0034    96.43 
 
 		 189 bp  48.1  0.0009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00364064  hitchhiker  0.00265886 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA2  Cobalamin  100 
 
 		 215 bp  48.1  0.0009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0035    96.43 
 
 		 216 bp  48.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0045    100 
 
 		 198 bp  48.1  0.0009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0060    100 
 
 		 205 bp  48.1  0.0009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5021  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (iron)  96.3 
 
 		 1155 bp  46.1  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0722878  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0075    100 
 
 		 205 bp  46.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.472984  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0043  Cobalamin riboswitch  96.3 
 
 		 218 bp  46.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.649005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0025    96.3 
 
 		 212 bp  46.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.378241  normal  0.0216252 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>