11 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_R0018 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_R0018    100 
 
 		 222 bp  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.715719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0017  Cobalamin riboswitch  89.86 
 
 		 193 bp  81.8  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.11416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0025    97.06 
 
 		 212 bp  60  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.378241  normal  0.0216252 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0061    92.11 
 
 		 223 bp  52  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0020    96.55 
 
 		 199 bp  50.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216421  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0033    93.94 
 
 		 209 bp  50.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5656  Cobalamin-3  96.43 
 
 		 215 bp  48.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0302962  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0023  Cobalamin riboswitch  96.3 
 
 		 209 bp  46.1  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.568613  normal  0.0699635 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0060    96.3 
 
 		 205 bp  46.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0077    100 
 
 		 194 bp  46.1  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0046    96.3 
 
 		 256 bp  46.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>