15 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_miscRNA3 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_miscRNA3  Cobalamin  100 
 
 		 194 bp  385  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0139315  normal  0.92315 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0020    96.97 
 
 		 199 bp  58  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.216421  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0025    92.11 
 
 		 212 bp  52  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.378241  normal  0.0216252 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5021  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (iron)  94.12 
 
 		 1155 bp  52  0.00006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0722878  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0757  hypothetical protein  100 
 
 		 417 bp  48.1  0.0009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0616812  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0072  Cobalamin riboswitch  96.43 
 
 		 214 bp  48.1  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.944702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0045    96.43 
 
 		 198 bp  48.1  0.0009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_miscRNA2  Cobalamin  96.43 
 
 		 215 bp  48.1  0.0009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0041  Cobalamin riboswitch  96.3 
 
 		 213 bp  46.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0011    96.3 
 
 		 212 bp  46.1  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0033    96.3 
 
 		 209 bp  46.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0035    96.3 
 
 		 216 bp  46.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.243684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0061    96.3 
 
 		 223 bp  46.1  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_R0077    93.55 
 
 		 194 bp  46.1  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0062    96.3 
 
 		 213 bp  46.1  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.743269  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>