More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9546 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011991  Avi_9546  CspA-like protein  100 
 
 
99 aa  205  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.513186  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2199  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
67 aa  70.1  0.000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.735899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4194  cold-shock DNA-binding domain protein  51.52 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.29852 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3513  cold-shock DNA-binding domain protein  51.52 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7022  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.52 
 
 
70 aa  68.6  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0599246  normal  0.604228 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0769  cold-shock DNA-binding domain protein  50.72 
 
 
69 aa  68.6  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.218929 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0954  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.17 
 
 
68 aa  68.2  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.631034  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0386  cold-shock DNA-binding protein family protein  52.17 
 
 
68 aa  67.8  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0850  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.17 
 
 
68 aa  67.8  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.17 
 
 
68 aa  67.8  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5421  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
68 aa  67.8  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.14942  normal  0.64967 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  67  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00586625  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
70 aa  67  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.59949  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1492  cold-shock family protein  50 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.136425  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0932  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.53 
 
 
68 aa  66.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2842  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
68 aa  66.6  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0311  cold-shock protein, DNA-binding  52.38 
 
 
68 aa  66.2  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.656988  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0367  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 
73 aa  65.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0398  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.38 
 
 
68 aa  65.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2034  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 
67 aa  65.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.465881  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  51.52 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.499823  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1892  cold-shock protein DNA-binding  48.53 
 
 
69 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.97 
 
 
69 aa  65.5  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745199  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.67 
 
 
267 aa  65.5  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1056  cold-shock DNA-binding domain protein  44.93 
 
 
70 aa  65.1  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.102694 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2846  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
73 aa  64.3  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.495681  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4283  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.25 
 
 
68 aa  64.3  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3637  putative cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3156  cold shock-like transcription regulator protein  50.94 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.82157 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  50 
 
 
69 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.522557 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1521  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.48 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.490356  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5378  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56 
 
 
69 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.260469 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0246  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
69 aa  63.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251668  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1446  cold-shock family protein  50.79 
 
 
105 aa  63.9  0.0000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.215876  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0217  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
69 aa  63.5  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
69 aa  63.5  0.0000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0846  cold-shock DNA-binding domain protein  56 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.012505 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1185  cold-shock protein DNA-binding  47.06 
 
 
69 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0202677 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1345  cold-shock DNA-binding domain protein  47.06 
 
 
69 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0142  cold shock protein  43.94 
 
 
74 aa  63.5  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.48 
 
 
73 aa  63.5  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2375  cold-shock protein, DNA-binding  47.06 
 
 
69 aa  62.8  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583398  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.59 
 
 
68 aa  63.2  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5655  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2176  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.93 
 
 
69 aa  62.8  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.141033  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1094  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 
68 aa  62.8  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0243204 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3257  cold-shock protein, DNA-binding  44.93 
 
 
69 aa  62.8  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0003  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.19 
 
 
67 aa  63.2  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2750  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.06 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.33157  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6591  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426867 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1798  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0886  cold-shock protein DNA-binding  56 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0757124 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 
69 aa  63.5  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2537  cold-shock DNA-binding domain protein  38.46 
 
 
74 aa  62  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.330999  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1310  cold-shock DNA-binding domain protein  50.94 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00171676  normal  0.537383 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1374  cold-shock DNA-binding domain protein  50.94 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215281  normal  0.985957 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1727  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.62 
 
 
68 aa  62.4  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.03 
 
 
249 aa  62  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2901  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.62 
 
 
288 aa  62.4  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.654674 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4951  cold-shock DNA-binding protein family protein  43.55 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0530166  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5162  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.45 
 
 
69 aa  62  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  46.43 
 
 
70 aa  61.6  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24110  cold-shock DNA-binding protein family  55 
 
 
133 aa  62  0.000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  37.31 
 
 
67 aa  61.6  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7552  cold-shock DNA-binding protein family protein  47.06 
 
 
69 aa  62  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229595  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  54 
 
 
69 aa  62  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.674883  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0977  cold-shock DNA-binding family protein  46.38 
 
 
69 aa  61.6  0.000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.717834  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0841  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
69 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2140  cold-shock DNA-binding protein family protein  50 
 
 
67 aa  61.2  0.000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000648799  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5171  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.94 
 
 
126 aa  61.2  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.515643  normal  0.7858 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5185  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.06 
 
 
67 aa  61.2  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5928  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
69 aa  60.8  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0270  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5342  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.28 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5818  cold-shock DNA-binding protein family  48.28 
 
 
67 aa  60.8  0.000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4272  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.42 
 
 
66 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.217345  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  48.48 
 
 
68 aa  60.5  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.31 
 
 
68 aa  60.5  0.000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0809  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
69 aa  60.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.13645 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.12 
 
 
80 aa  60.5  0.000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0922  cold-shock DNA-binding domain protein  46.97 
 
 
69 aa  60.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11423  normal  0.220498 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.28 
 
 
67 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.75 
 
 
179 aa  60.5  0.000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  60.5  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  49.09 
 
 
71 aa  60.1  0.000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  44.64 
 
 
70 aa  60.1  0.000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0078  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
69 aa  60.1  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19657  normal  0.176991 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.55 
 
 
192 aa  59.7  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3035  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
69 aa  60.1  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.084577  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6033  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.08 
 
 
69 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.263263  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0093  cold-shock DNA-binding domain protein  43.94 
 
 
69 aa  60.1  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.941798  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0810  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48 
 
 
69 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  46.3 
 
 
69 aa  59.7  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  52 
 
 
69 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  44.83 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  44.64 
 
 
70 aa  59.3  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>