26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_1517 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010655  Amuc_1517  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 228 aa  468  1.0000000000000001e-131  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000360016  decreased coverage  0.000000000680487 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0357  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.5 
 
 		 218 aa  102  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0421095 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0986  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.5 
 
 		 202 aa  98.2  9e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.544893  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0811  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.14 
 
 		 177 aa  46.6  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3258  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.8 
 
 		 191 aa  46.6  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.420669  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3311  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.3 
 
 		 182 aa  46.2  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.161259  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0795  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.81 
 
 		 194 aa  46.2  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0350  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.83 
 
 		 196 aa  45.4  0.0007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0293923 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1760  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.32 
 
 		 205 aa  45.4  0.0007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.431195 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1353  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  23.58 
 
 		 260 aa  45.4  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.742205  normal  0.0116604 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06430  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  26.82 
 
 		 197 aa  45.1  0.0009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4068  RNA polymerase sigma factor SigE  25.28 
 
 		 260 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0887025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3994  RNA polymerase sigma factor SigE  25.28 
 
 		 260 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.622546  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0162  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  25.74 
 
 		 193 aa  43.9  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1109  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.91 
 
 		 189 aa  44.3  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.98877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0803  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.65 
 
 		 184 aa  43.9  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1027  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.16 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2200  RNA polymerase sigma factor SigE  24.58 
 
 		 282 aa  43.9  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.681344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0898  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25 
 
 		 202 aa  43.5  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00206828  hitchhiker  0.00000031369 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  21.97 
 
 		 195 aa  43.5  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2016  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.74 
 
 		 225 aa  43.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1575  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.08 
 
 		 193 aa  43.5  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4008  RNA polymerase sigma factor SigE  25.28 
 
 		 253 aa  43.5  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.290369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4496  RNA polymerase sigma factor SigE  24.58 
 
 		 269 aa  42.4  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.11684  normal  0.283711 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  25.28 
 
 		 257 aa  42.4  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4686  RNA polymerase sigma factor  25.58 
 
 		 224 aa  41.6  0.01  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2246  normal  0.844748 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>