27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0357 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_0357  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  100 
 
 		 218 aa  433  1e-121  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0421095 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1517  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.5 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000360016  decreased coverage  0.000000000680487 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0986  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.3 
 
 		 202 aa  80.1  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.544893  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  25.4 
 
 		 194 aa  53.5  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4632  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.17 
 
 		 181 aa  49.3  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3258  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.29 
 
 		 191 aa  48.5  0.00008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.420669  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2019  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  24.24 
 
 		 193 aa  44.7  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2686  RNA polymerase sigma factor  31.25 
 
 		 202 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.871223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2936  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.95 
 
 		 168 aa  44.3  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.270397  normal  0.0409988 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3006  RNA polymerase sigma factor  31.25 
 
 		 182 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246764  normal  0.0211422 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.93 
 
 		 218 aa  43.9  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1092  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.1 
 
 		 181 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5018  RNA polymerase sigma factor  27.57 
 
 		 182 aa  43.1  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.215655 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0811  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.58 
 
 		 177 aa  43.1  0.003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3877  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.76 
 
 		 208 aa  42.7  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0377952 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11245  RNA polymerase sigma factor SigE  31.96 
 
 		 257 aa  42.7  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00634169  normal  0.0158718 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2180  RNA polymerase sigma factor  25.54 
 
 		 190 aa  42.7  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.597031 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3120  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.54 
 
 		 256 aa  42.4  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0379225  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0316  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  32.5 
 
 		 212 aa  42.4  0.006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0366  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.17 
 
 		 189 aa  42.4  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.81 
 
 		 206 aa  42.4  0.006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1067  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.7 
 
 		 215 aa  42  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0267044  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2755  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.76 
 
 		 168 aa  42  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3746  RNA polymerase sigma factor  32.56 
 
 		 184 aa  42  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.352624 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4496  RNA polymerase sigma factor SigE  31.96 
 
 		 269 aa  41.6  0.009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.11684  normal  0.283711 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2200  RNA polymerase sigma factor SigE  31.96 
 
 		 282 aa  41.6  0.01  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.681344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0936  RNA polymerase sigma-24 subunit, ECF subfamily  28 
 
 		 184 aa  41.6  0.01  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.982194 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>