27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003962 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003962  outer membrane protein OmpT  100 
 
 		 343 aa  691    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1445  ompT protein  45.05 
 
 		 368 aa  250  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000193384  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  25.63 
 
 		 311 aa  57.4  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3117  porin  25.96 
 
 		 360 aa  47.8  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482889  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  28.23 
 
 		 383 aa  47.4  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2057  porin  29.66 
 
 		 359 aa  47.4  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  28 
 
 		 402 aa  47  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2857  porin  29.03 
 
 		 371 aa  47  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.454817  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1322  outer membrane protein C2  29.03 
 
 		 371 aa  47  0.0005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2778  outer membrane protein N  29.03 
 
 		 371 aa  47  0.0005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.704962  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1251  outer membrane porin, putative  27.7 
 
 		 402 aa  46.6  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000429036  hitchhiker  0.000137517 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0230  putative outer membrane protein  25.59 
 
 		 331 aa  46.6  0.0007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2050  porin  31.47 
 
 		 376 aa  46.6  0.0007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.946286  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  26.61 
 
 		 360 aa  46.2  0.0009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  28 
 
 		 370 aa  46.2  0.0009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0824  outer membrane porin protein LC  27.34 
 
 		 360 aa  45.4  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.166078  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0971  ompH family outer membrane protein  28.12 
 
 		 316 aa  45.8  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000094699  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1770  outer membrane porin protein LC  27.74 
 
 		 362 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.895795 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1689  outer membrane porin protein LC  27.74 
 
 		 362 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.808726 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1750  outer membrane porin protein LC  27.74 
 
 		 362 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1687  outer membrane porin protein LC  27.74 
 
 		 362 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.535168 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  26.67 
 
 		 402 aa  45.1  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000611786  decreased coverage  0.00000268212 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1679  porin  33.33 
 
 		 357 aa  44.3  0.003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.512961  normal  0.118098 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2197  outer membrane protein  33.33 
 
 		 357 aa  44.3  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000111535  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2182  outer membrane protein, porin  25.42 
 
 		 352 aa  43.9  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1448  porin  30.4 
 
 		 368 aa  43.1  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2553  porin  26.61 
 
 		 373 aa  42.7  0.009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.437604 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>