87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HS_0971 on replicon NC_008309
Organism: Haemophilus somnus 129PT



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008309  HS_0971  ompH family outer membrane protein  100 
 
 
316 aa  635    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000094699  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0230  putative outer membrane protein  26.95 
 
 
331 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003962  outer membrane protein OmpT  31.69 
 
 
343 aa  66.2  0.0000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3482  porin  25.84 
 
 
318 aa  62  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.540068  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2553  porin  25.64 
 
 
373 aa  60.1  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.437604 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001436  non-specific porin  29.7 
 
 
323 aa  57.8  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.154506  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1515  porin  28.57 
 
 
402 aa  58.2  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000337456  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1620  porin  28 
 
 
403 aa  55.8  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000207941  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1631  porin  28 
 
 
403 aa  55.8  0.0000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000133613  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2723  porin Gram-negative type  28 
 
 
403 aa  56.2  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000866519  hitchhiker  0.00000818773 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2056  porin Gram-negative type  25.07 
 
 
368 aa  55.5  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0706527  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1654  porin  28.57 
 
 
403 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000730706  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002599  outer membrane protein OmpU  28.77 
 
 
336 aa  53.9  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0233564  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3084  porin  28.81 
 
 
402 aa  53.9  0.000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000611786  decreased coverage  0.00000268212 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1448  porin  24.79 
 
 
368 aa  53.9  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0767  outer membrane phosphoporin protein E  25.44 
 
 
350 aa  52.8  0.000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0774266 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1474  porin  24.17 
 
 
311 aa  52.4  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2654  porin  31.08 
 
 
403 aa  52.4  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.157647  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0572  outer membrane protein, putative porin  24.33 
 
 
312 aa  52.4  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3613  porin  24.18 
 
 
310 aa  51.2  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.479442  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1784  porin Gram-negative type  25 
 
 
373 aa  51.6  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00154811  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0427  putative outer membrane pore protein  30.43 
 
 
340 aa  51.6  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1445  ompT protein  28.37 
 
 
368 aa  51.2  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000193384  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2481  porin  26.55 
 
 
403 aa  51.2  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000211873  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03408  hypothetical protein  34.15 
 
 
337 aa  50.8  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3603  porin  25.14 
 
 
402 aa  50.8  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000908733  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05099  porin  23.99 
 
 
321 aa  50.1  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06287  hypothetical protein  28.22 
 
 
322 aa  50.1  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001232  outer membrane protein OmpU  23.96 
 
 
319 aa  49.7  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0870457  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06284  hypothetical protein  25.7 
 
 
352 aa  49.7  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1568  porin  33.85 
 
 
403 aa  49.3  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  hitchhiker  0.00000152354 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1641  outer membrane protein N  23.72 
 
 
383 aa  48.5  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.150346  normal  0.976453 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2667  outer membrane protein F  24.36 
 
 
362 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000513703  normal  0.141925 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2191  outer membrane protein F  24.72 
 
 
357 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.145959  normal  0.466733 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1037  outer membrane protein F  24.36 
 
 
362 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000488881  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3340  outer membrane phosphoporin protein E  23.32 
 
 
351 aa  47.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2083  gram-negative porin family protein  23.27 
 
 
366 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00241  hypothetical protein  23.32 
 
 
345 aa  47  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.693331  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00238  outer membrane phosphoporin protein E  23.32 
 
 
345 aa  47  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.86907  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04813  hypothetical protein  25.79 
 
 
365 aa  47.4  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01558  hypothetical protein  24.92 
 
 
335 aa  46.6  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0273  outer membrane phosphoporin protein E  23.32 
 
 
351 aa  47  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.664027  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0286  outer membrane phosphoporin protein E  23.32 
 
 
351 aa  47  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.172379  normal  0.530203 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0238  outer membrane phosphoporin protein E  23.32 
 
 
351 aa  46.6  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0295  outer membrane phosphoporin protein E  23.03 
 
 
351 aa  46.6  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00372368 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1666  porin Gram-negative type  24.09 
 
 
379 aa  46.6  0.0006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000017605  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0162  outer membrane protein OmpU  24.26 
 
 
350 aa  46.6  0.0006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000502396  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2389  outer membrane protein F  24.58 
 
 
362 aa  46.2  0.0008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00716646  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00933  outer membrane porin 1a (Ia;b;F)  24.58 
 
 
362 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000151629  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00940  hypothetical protein  24.58 
 
 
362 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1029  outer membrane protein F  24.58 
 
 
362 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00117634  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2714  porin Gram-negative type  24.58 
 
 
362 aa  46.2  0.0008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000119637  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1090  outer membrane protein F  25.14 
 
 
362 aa  45.8  0.0009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000211589  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1592  outer membrane porin OpcP  25.19 
 
 
379 aa  45.8  0.0009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000753079  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2569  porin  38.96 
 
 
365 aa  45.4  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.0000000237522  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2610  outer membrane porin protein C  27.71 
 
 
378 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.440954 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2403  outer membrane porin protein C  27.71 
 
 
378 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00624536  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2493  outer membrane porin protein C  27.71 
 
 
378 aa  45.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3366  porin Gram-negative type  23.03 
 
 
351 aa  45.8  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2507  outer membrane porin protein C  27.71 
 
 
378 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0209108 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2451  outer membrane porin protein C  27.71 
 
 
378 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0487875 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1443  porin Gram-negative type  24.1 
 
 
367 aa  45.4  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00990421  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0268  outer membrane phosphoporin protein E  23.03 
 
 
351 aa  45.1  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2839  porin  23.12 
 
 
360 aa  45.1  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00468418 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2229  porin  28 
 
 
382 aa  44.3  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.218103  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1221  porin family protein  23.14 
 
 
387 aa  43.9  0.003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.263748  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3264  outer membrane porin protein C  23.82 
 
 
370 aa  44.3  0.003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00668257  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0724  outer membrane porin protein C  27.01 
 
 
376 aa  43.9  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.140015  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2354  outer membrane porin protein C  27.01 
 
 
368 aa  43.9  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00268594  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1435  outer membrane porin protein C  27.01 
 
 
376 aa  43.9  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.974185  normal  0.210914 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2364  outer membrane porin protein C  24.58 
 
 
364 aa  43.5  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0333811  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3353  outer membrane porin protein C  27.59 
 
 
367 aa  43.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.128498  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2839  outer membrane porin protein C  26.42 
 
 
371 aa  43.5  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1444  outer membrane porin protein C  26.42 
 
 
371 aa  43.5  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000996913  normal  0.640308 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2943  outer membrane porin  24.81 
 
 
379 aa  43.5  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0680  porin  25.32 
 
 
388 aa  43.5  0.005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.424836  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2557  porin  25.57 
 
 
402 aa  43.5  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.40328  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2761  outer membrane porin protein C  26.42 
 
 
371 aa  43.5  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000019147  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1702  porin family protein  23.27 
 
 
366 aa  43.1  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0189246  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3043  outer membrane protein  24.81 
 
 
379 aa  43.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000337977  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2089  outer membrane porin, putative  24.81 
 
 
379 aa  43.1  0.006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2514  outer membrane porin protein C  23.81 
 
 
363 aa  43.1  0.006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000192905  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3009  outer membrane porin  24.81 
 
 
379 aa  43.1  0.006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205234  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1957  putative outer membrane porin  24.81 
 
 
379 aa  43.1  0.006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0361  outer membrane phosphoporin protein E  21.75 
 
 
350 aa  42.4  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000741681 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2536  porin  24.53 
 
 
402 aa  42.4  0.01  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000566311  unclonable  0.0000300208 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0933  porin  26.4 
 
 
374 aa  42.4  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.760858  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>