39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1591 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1591  amino acid ABC transporter periplasmic protein  100 
 
 		 230 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.115336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3998  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  28.71 
 
 		 241 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4114  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  28.71 
 
 		 241 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3921  extracellular solute-binding protein family 3  28.23 
 
 		 241 aa  93.2  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4021  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  27.88 
 
 		 241 aa  91.3  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2915  extracellular solute-binding protein  31.74 
 
 		 270 aa  90.5  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.418761 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2979  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 		 285 aa  89  6e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3307  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 		 286 aa  88.6  8e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03935  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  26.7 
 
 		 229 aa  86.3  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1044  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 		 286 aa  85.9  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.523341 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3328  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 286 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2793  putative amino acid-binding protein  26.54 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287982  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1011  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 285 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3190  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0211783 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1032  extracellular solute-binding protein family 3  26.91 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.267396 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3247  extracellular solute-binding protein  27.7 
 
 		 285 aa  78.6  0.00000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0627  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  28.43 
 
 		 280 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.225445  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1807  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3620  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.5 
 
 		 278 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0876  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 285 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3146  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 285 aa  75.5  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3588  hypothetical protein  25.73 
 
 		 247 aa  74.3  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.623219  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0704  putative amino acid-binding protein  27.27 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.440677  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3276  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  26.7 
 
 		 247 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3196  hypothetical protein  28.22 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.144092 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3920  putative amino acid-binding protein  25.12 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0850  hypothetical protein  28.43 
 
 		 275 aa  63.9  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000173614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  22.49 
 
 		 2213 aa  62  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1048  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  27.32 
 
 		 260 aa  59.7  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25.58 
 
 		 262 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 281 aa  50.4  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0551  hypothetical protein  25.12 
 
 		 257 aa  49.7  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.831394  decreased coverage  0.00317207 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  25.56 
 
 		 262 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 246 aa  45.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2291  extracellular solute-binding protein family 3  25.71 
 
 		 260 aa  45.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299609  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  23.61 
 
 		 262 aa  43.9  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  25.11 
 
 		 262 aa  43.5  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 262 aa  43.1  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  21.96 
 
 		 270 aa  42.4  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>