130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_R0005 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_R0005  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0043  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0056  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0017  tRNA-Trp  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.735607  decreased coverage  0.0025473 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0018  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.954485  decreased coverage  0.00256285 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29900  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.587989 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0054  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0194345 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17320  tRNA-Trp  95 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1404  tRNA-Trp  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000898104 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0009  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0017  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24010  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.234408  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0044  tRNA-Trp  94.64 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0169442  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0017  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0050  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0046  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0052  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0051  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0071  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03610  tRNA-Trp  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0026  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000289673  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0009  tRNA-Trp  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.31538  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0016  tRNA-Trp  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0666862  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0008  tRNA-Trp  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0008  tRNA-Trp  93.62 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0012  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.381785 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0019  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0052  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14008  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.030718 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0056  tRNA-Trp  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0589076  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0064  tRNA-Trp  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.829454  normal  0.0150036 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0015  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0544479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0048  tRNA-Trp  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.798887  normal  0.165009 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t013  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0045  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000437445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0031  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0032  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.648314  normal  0.932016 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0030  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.327508  normal  0.923325 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0107  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000447975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0113  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0422602  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0101  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001896  normal  0.0160972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0106  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.375874  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0121  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000153016  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0130  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.108428  hitchhiker  0.00406594 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t097  tRNA-Trp  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000384434  normal  0.0126807 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0067  tRNA-Trp  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0048  tRNA-Trp  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0013  tRNA-Trp  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.863904 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0013  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000156686  normal  0.0425769 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0015  tRNA-Trp  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.256719  normal  0.0109238 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0078  tRNA-Trp  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0022  tRNA-Trp  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.362458  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0024    85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.895934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0029  tRNA-Trp  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0054  tRNA-Trp  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0023  tRNA-Trp  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0042  tRNA-Trp  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.264389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0036  tRNA-Trp  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.868247  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0028  tRNA-Trp  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0032  tRNA-Trp  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000152725  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0037  tRNA-Trp  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.513006  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0035  tRNA-Thr  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.640819  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0014  tRNA-Trp  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00024389  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0012  tRNA-Trp  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000390892  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0012  tRNA-Trp  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000299257  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t21  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.542798  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0043  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0476411  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1212  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0006  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0049  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0024  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0060  tRNA-Trp  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>