53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6140 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6140  carbonate dehydratase  100 
 
 		 249 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2660  carbonate dehydratase  53.57 
 
 		 255 aa  275  5e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0379533  normal  0.20271 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0785  carbonate dehydratase  53.17 
 
 		 252 aa  272  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.853738 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0758  carbonate dehydratase  55.38 
 
 		 250 aa  271  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.415587  normal  0.360376 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4625  carbonate dehydratase  51.98 
 
 		 263 aa  265  5e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0862  Carbonate dehydratase  51.98 
 
 		 252 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0791  carbonic anhydrase (carbonate dehydratase)  49.8 
 
 		 253 aa  241  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00959218 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2228  carbonate dehydratase  50 
 
 		 249 aa  228  1e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103862  normal  0.0736818 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2853  Carbonate dehydratase  46.83 
 
 		 256 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.11896 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1725  carbonate dehydratase  48.94 
 
 		 259 aa  215  5e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3753  carbonate dehydratase  43.09 
 
 		 247 aa  207  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0412  carbonate dehydratase  41.87 
 
 		 245 aa  194  8.000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.289569  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0242  carbonic anhydrase  41.98 
 
 		 244 aa  188  9e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0973  twin-arginine translocation pathway signal  37.98 
 
 		 264 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0132613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1056  carbonic anhydrase precursor  38.43 
 
 		 235 aa  183  3e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3698  carbonate dehydratase  40.08 
 
 		 246 aa  182  6e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4422  carbonate dehydratase  41.05 
 
 		 244 aa  181  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000131001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3166  Carbonate dehydratase  38.61 
 
 		 258 aa  181  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2952  carbonic anhydrase  38.61 
 
 		 258 aa  181  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.163971 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0030  carbonate dehydratase  39.59 
 
 		 249 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.123729  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0238  Carbonate dehydratase  40.83 
 
 		 244 aa  177  1e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0512  carbonate dehydratase  40.54 
 
 		 370 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0845304 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3922  carbonic anhydrase  41.36 
 
 		 481 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1545  carbonate dehydratase  38.05 
 
 		 315 aa  176  3e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1480  carbonate dehydratase  39.59 
 
 		 243 aa  176  4e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.551291  normal  0.597847 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0578  Carbonate dehydratase  36.48 
 
 		 246 aa  171  1e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000218816  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001220  carbonic anhydrase  40.08 
 
 		 239 aa  168  7e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2167  carbonic anhydrase  40.09 
 
 		 258 aa  167  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.277757  normal  0.0204044 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05086  carbonic anhydrase  37.45 
 
 		 241 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1623  carbonate dehydratase  37.19 
 
 		 260 aa  165  5.9999999999999996e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.108913  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0957  carbonic anhydrase  35.19 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000379553  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1236  carbonate dehydratase  33.33 
 
 		 252 aa  148  6e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000779  carbonic anhydrase  33.75 
 
 		 239 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0359  carbonate dehydratase  37.78 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1388  carbonate dehydratase  33.19 
 
 		 237 aa  131  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000301506  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4235  carbonate dehydratase  38.54 
 
 		 259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.355304  normal  0.29806 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2989  carbonic anhydrase  32.13 
 
 		 267 aa  127  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0923119  normal  0.0164403 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3462  carbonic anhydrase  32.89 
 
 		 614 aa  126  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1132  carbonate dehydratase  31.34 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0536643  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1080  carbonic anhydrase  31.58 
 
 		 264 aa  120  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.759573  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4960  carbonate dehydratase  34.63 
 
 		 259 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3200  carbonate dehydratase  34.63 
 
 		 259 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0465  carbonate dehydratase  34.76 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0238  carbonic anhydrase  32.32 
 
 		 213 aa  107  2e-22  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0461  carbonate dehydratase  35.15 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.454779  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3535  Carbonate dehydratase  34.13 
 
 		 440 aa  102  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00169565 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1004  carbonic anhydrase  30.62 
 
 		 436 aa  101  9e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0975  Carbonate dehydratase  30.62 
 
 		 436 aa  101  9e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1514  conserved hypothetical protein, putative carbonic anhydrase  25.76 
 
 		 246 aa  90.9  2e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2138  carbonic anhydrase  29.85 
 
 		 191 aa  76.6  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00878397  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2073  carbonic anhydrase  29.53 
 
 		 207 aa  67.8  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.495704  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_55029  predicted protein  23.14 
 
 		 324 aa  52.4  0.000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_35370  predicted protein  32.76 
 
 		 487 aa  43.5  0.003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>