52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0512 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0512  carbonate dehydratase  100 
 
 
370 aa  750    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0845304 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3922  carbonic anhydrase  57.56 
 
 
481 aa  305  7e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0030  carbonate dehydratase  45.45 
 
 
249 aa  228  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.123729  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3462  carbonic anhydrase  47.79 
 
 
614 aa  225  9e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3753  carbonate dehydratase  48.43 
 
 
247 aa  222  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405965 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1725  carbonate dehydratase  45.93 
 
 
259 aa  222  8e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4422  carbonate dehydratase  43.84 
 
 
244 aa  217  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000131001  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0973  twin-arginine translocation pathway signal  42.73 
 
 
264 aa  215  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0132613  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4625  carbonate dehydratase  43.75 
 
 
263 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0862  Carbonate dehydratase  44.14 
 
 
252 aa  211  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0785  carbonate dehydratase  43.33 
 
 
252 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.853738 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2167  carbonic anhydrase  46.82 
 
 
258 aa  211  2e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.277757  normal  0.0204044 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0242  carbonic anhydrase  41.55 
 
 
244 aa  205  9e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05086  carbonic anhydrase  42.11 
 
 
241 aa  205  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1236  carbonate dehydratase  38.43 
 
 
252 aa  203  4e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0412  carbonate dehydratase  40.77 
 
 
245 aa  203  4e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.289569  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0238  Carbonate dehydratase  42.01 
 
 
244 aa  202  6e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0791  carbonic anhydrase (carbonate dehydratase)  43.69 
 
 
253 aa  202  8e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00959218 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1545  carbonate dehydratase  42.67 
 
 
315 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2660  carbonate dehydratase  45.21 
 
 
255 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0379533  normal  0.20271 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001220  carbonic anhydrase  40.83 
 
 
239 aa  197  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3698  carbonate dehydratase  39.91 
 
 
246 aa  195  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1056  carbonic anhydrase precursor  43.32 
 
 
235 aa  194  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0758  carbonate dehydratase  42.92 
 
 
250 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.415587  normal  0.360376 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3166  Carbonate dehydratase  38.56 
 
 
258 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2952  carbonic anhydrase  38.56 
 
 
258 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.163971 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1480  carbonate dehydratase  41.1 
 
 
243 aa  186  6e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.551291  normal  0.597847 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0957  carbonic anhydrase  38.91 
 
 
239 aa  179  8e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000379553  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1623  carbonate dehydratase  38.46 
 
 
260 aa  178  1e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.108913  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2228  carbonate dehydratase  39.46 
 
 
249 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.103862  normal  0.0736818 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2853  Carbonate dehydratase  40.27 
 
 
256 aa  178  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.11896 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6140  carbonate dehydratase  40.54 
 
 
249 aa  176  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0359  carbonate dehydratase  41.74 
 
 
261 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0578  Carbonate dehydratase  38.78 
 
 
246 aa  172  7.999999999999999e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000218816  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000779  carbonic anhydrase  38.07 
 
 
239 aa  166  6.9999999999999995e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1132  carbonate dehydratase  38.46 
 
 
315 aa  162  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0536643  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1080  carbonic anhydrase  35.74 
 
 
264 aa  135  9e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.759573  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2989  carbonic anhydrase  36.95 
 
 
267 aa  135  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0923119  normal  0.0164403 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0238  carbonic anhydrase  38.14 
 
 
213 aa  135  9.999999999999999e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1388  carbonate dehydratase  37.26 
 
 
237 aa  129  6e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000000301506  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0465  carbonate dehydratase  38.42 
 
 
288 aa  125  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0461  carbonate dehydratase  38.42 
 
 
313 aa  123  5e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.454779  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3535  Carbonate dehydratase  33.33 
 
 
440 aa  122  9e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00169565 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4235  carbonate dehydratase  38.31 
 
 
259 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.355304  normal  0.29806 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0975  Carbonate dehydratase  32.05 
 
 
436 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1004  carbonic anhydrase  32.05 
 
 
436 aa  120  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4960  carbonate dehydratase  36 
 
 
259 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3200  carbonate dehydratase  36 
 
 
259 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1514  conserved hypothetical protein, putative carbonic anhydrase  26.21 
 
 
246 aa  98.6  2e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2138  carbonic anhydrase  29.9 
 
 
191 aa  72.8  0.000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00878397  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2073  carbonic anhydrase  31.08 
 
 
207 aa  72.8  0.00000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.495704  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_55029  predicted protein  27.98 
 
 
324 aa  45.8  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>