113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1909 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1909  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  100 
 
 		 175 aa  363  1e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0700677  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1878  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  78.74 
 
 		 183 aa  292  2e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2591  amino acid-binding ACT domain-containing protein  79.31 
 
 		 183 aa  291  2e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000275101  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2413  amino acid-binding ACT domain-containing protein  78.74 
 
 		 183 aa  291  3e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.204037  hitchhiker  0.00509125 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1655  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  78.16 
 
 		 183 aa  289  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2341  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  78.16 
 
 		 183 aa  288  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.106946  hitchhiker  0.000000443735 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2553  amino acid-binding ACT domain-containing protein  78.16 
 
 		 183 aa  288  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000108497  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2668  amino acid-binding ACT domain-containing protein  78.16 
 
 		 183 aa  288  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000549184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1791  amino acid-binding ACT domain protein  78.16 
 
 		 183 aa  288  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000108735  hitchhiker  0.00000000136293 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1701  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  78.16 
 
 		 183 aa  288  3e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0560544  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1847  amino acid-binding ACT domain-containing protein  76 
 
 		 184 aa  286  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00121314  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2431  amino acid-binding ACT domain-containing protein  75.29 
 
 		 179 aa  283  9e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0267912  hitchhiker  0.00010475 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2176  amino acid-binding ACT domain-containing protein  76.44 
 
 		 179 aa  282  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00808907  normal  0.900227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1979  amino acid-binding ACT domain-containing protein  74.71 
 
 		 178 aa  277  5e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00211865  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1863  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  74.86 
 
 		 178 aa  275  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000211112  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1734  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  72.41 
 
 		 178 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.103341  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3185  glycine cleavage system transcriptional repressor  44.1 
 
 		 176 aa  142  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.168662  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2380  glycine cleavage system transcriptional repressor (Gcv operon repressor)  35.67 
 
 		 175 aa  130  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1739  putative glycine cleavage system transcriptional repressor  45.08 
 
 		 180 aa  126  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02138  glycine cleavage system transcriptional repressor  36.26 
 
 		 187 aa  124  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.11679  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3510  glycine cleavage system transcriptional repressor  37.42 
 
 		 228 aa  124  9e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.261645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3180  glycine cleavage system transcriptional repressor  39.63 
 
 		 183 aa  122  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.200609  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03188  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.47 
 
 		 180 aa  121  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1136  glycine cleavage system transcriptional repressor  39.02 
 
 		 183 aa  120  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002792  glycine cleavage system transcriptional antiactivator GcvR  34.3 
 
 		 180 aa  117  7e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3131  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.15 
 
 		 204 aa  115  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.590147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1361  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.15 
 
 		 204 aa  115  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.243595  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1246  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.15 
 
 		 189 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1071  amino acid-binding ACT domain protein  36.36 
 
 		 189 aa  114  5e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2985  amino acid-binding ACT domain protein  35.98 
 
 		 204 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2683  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.76 
 
 		 190 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2749  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.76 
 
 		 190 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2724  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.76 
 
 		 190 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2635  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.76 
 
 		 190 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2856  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.76 
 
 		 190 aa  111  5e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2611  glycine cleavage system transcriptional repressor  34.76 
 
 		 212 aa  110  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2761  glycine cleavage system transcriptional repressor  34.76 
 
 		 212 aa  110  7.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2851  glycine cleavage system transcriptional repressor  34.76 
 
 		 212 aa  110  7.000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02371  DNA-binding transcriptional repressor, regulatory protein accessory to GcvA  34.76 
 
 		 190 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1190  amino acid-binding ACT domain protein  34.76 
 
 		 190 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1197  glycine cleavage system transcriptional repressor  34.76 
 
 		 190 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2626  glycine cleavage system transcriptional repressor  34.76 
 
 		 190 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3701  glycine cleavage system transcriptional repressor  34.76 
 
 		 190 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02333  hypothetical protein  34.76 
 
 		 190 aa  110  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2975  glycine cleavage system transcriptional repressor  35.15 
 
 		 186 aa  109  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.457313 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2479  glycine cleavage system transcriptional repressor  30.64 
 
 		 175 aa  107  6e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.204447  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2479  amino acid-binding ACT domain-containing protein  32.2 
 
 		 183 aa  100  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2199  amino acid-binding ACT domain-containing protein  30.54 
 
 		 175 aa  96.7  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0596072  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2525  glycine cleavage system transcriptional repressor  31.14 
 
 		 177 aa  94  9e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0052  glycine cleavage system transcriptional repressor  30.12 
 
 		 179 aa  85.9  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.824677  normal  0.630988 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0826  amino acid-binding ACT domain protein  27.12 
 
 		 184 aa  84.7  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.892136  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0896  amino acid-binding ACT domain protein  23.86 
 
 		 173 aa  74.3  0.0000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00320944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0527  amino acid-binding ACT domain protein  27.22 
 
 		 185 aa  65.1  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3496  amino acid-binding ACT domain-containing protein  26.26 
 
 		 181 aa  64.7  0.0000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05930  ACT domain-containing regulatory protein  25.93 
 
 		 172 aa  63.5  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000527553  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0665  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  25.9 
 
 		 175 aa  62.8  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2032  amino acid-binding ACT domain protein  29.13 
 
 		 178 aa  61.6  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0169147  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1837  glycine cleavage system transcriptional repressor  24.43 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.412104  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1898  transcriptional regulator  24.43 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1662  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  21.43 
 
 		 185 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.620178  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3457  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  22.86 
 
 		 185 aa  57.8  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2229  amino acid-binding ACT domain protein  24.85 
 
 		 181 aa  57.4  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0964148 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4094  amino acid-binding ACT domain-containing protein  25.29 
 
 		 172 aa  57.4  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3554  amino acid-binding ACT  24.29 
 
 		 189 aa  56.2  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0217681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51280  hypothetical protein  19.64 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000412159 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4388  hypothetical protein  20.24 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1510  amino acid-binding ACT domain protein  23.95 
 
 		 186 aa  56.6  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0143098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3976  glycine cleavage system transcriptional repressor  24.57 
 
 		 186 aa  55.1  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0411  amino acid-binding ACT domain protein  21.08 
 
 		 184 aa  55.1  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.404844  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3954  hypothetical protein  22.62 
 
 		 187 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.48734  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1370  glycine cleavage system transcriptional repressor  22.02 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.595019  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1236  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  24.57 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1266  glycine cleavage system regulatory protein-like protein  24.57 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.747511 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4182  glycine cleavage system transcriptional repressor  24.57 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1547  glycine cleavage system transcriptional repressor  22.02 
 
 		 187 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.32693  normal  0.0290661 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06310  ACT domain-containing protein  23.31 
 
 		 171 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000183389  normal  0.204088 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4173  formyl transferase-like  27.71 
 
 		 385 aa  53.1  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0587  hypothetical protein  23.31 
 
 		 171 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000555119  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3969  amino acid-binding ACT domain protein  23.56 
 
 		 188 aa  53.1  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0100488  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2002  amino acid-binding ACT domain-containing protein  28.74 
 
 		 173 aa  52.4  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.510961 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4055  amino acid-binding ACT domain protein  22.99 
 
 		 188 aa  52.4  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1150  cellulose-binding family II protein  23.56 
 
 		 178 aa  52  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4386  amino acid-binding ACT domain-containing protein  23.33 
 
 		 188 aa  51.2  0.000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.523733  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00127  glycine cleavage system transcriptional repressor  24.16 
 
 		 159 aa  51.2  0.000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0355979  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8574  glycine cleavage system transcriptional repressor, putative  22.84 
 
 		 165 aa  50.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0481  ACT domain protein  24.1 
 
 		 172 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00000098406  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5182  ACT domain-containing protein  23.93 
 
 		 172 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000248291  normal  0.129275 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2533  glycine cleavage system regulatory protein  21.2 
 
 		 179 aa  50.1  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4699  amino acid-binding ACT  25.6 
 
 		 180 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000305264  normal  0.738616 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3514  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.85 
 
 		 186 aa  48.9  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.160997  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0918  hypothetical protein  35.71 
 
 		 90 aa  48.5  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0844317  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0385  amino acid-binding ACT domain-containing protein  24.71 
 
 		 172 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000000250758  normal  0.230246 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0493  amino acid-binding ACT domain protein  23.35 
 
 		 165 aa  48.1  0.00006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1273  amino acid-binding ACT domain protein  24.85 
 
 		 177 aa  48.1  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0599  amino acid-binding ACT domain protein  26.67 
 
 		 173 aa  47.4  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0437  ACT domain protein  26.67 
 
 		 173 aa  47.4  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35350  Transcriptional repressor glycine cleavage system-like protein  20 
 
 		 165 aa  47.4  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0332  amino acid-binding ACT domain-containing protein  20.56 
 
 		 172 aa  46.2  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4845  amino acid-binding ACT domain-containing protein  22.94 
 
 		 172 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4707  amino acid-binding ACT domain-containing protein  27.91 
 
 		 170 aa  45.4  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.4333  normal  0.012003 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>