195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_R0008 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  178  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.117408  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0032  tRNA-Ser  88.31 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000491895  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0052  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 92 bp  61.9  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0019  tRNA-Ser  84.52 
 
 		 90 bp  60  0.00000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000041967  decreased coverage  0.00515811 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0023  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  58  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.455185 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11580  tRNA-Ser  96.88 
 
 		 93 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNASerVIMSS1309285  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 89 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0014  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60240  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.268246  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0008  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000551383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27960  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.251504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0006  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0006  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0010  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0049  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.53957 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0018  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.836687 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0054  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000333632  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03505  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t084  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t090  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t28  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0189168  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t025  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000628867  hitchhiker  0.000000193085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t018  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000138338  hitchhiker  0.0000000303397 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0055  tRNA-Ser  93.75 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA35  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.189455  normal  0.46537 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0003  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0135552  hitchhiker  0.000657506 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0008  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0909337  hitchhiker  0.00840657 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0114  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000117562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0057  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000281026  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0048  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000880643  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0036  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000164961  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0040  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588297  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000214233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0053  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000556956  hitchhiker  0.00693696 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0120  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000721492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0042  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000792728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0048  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0043  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000142522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0049  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000282544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0044  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.11971  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0048  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494223  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0041  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000191859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0047  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0038  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000174054  normal  0.534316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0044  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000325542  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna107  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000883231  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03508  tRNA-Ser  100 
 
 		 89 bp  48.1  0.0004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0006  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000515355  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  48.1  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0096  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000137453  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0102  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000140281  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0026  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000318313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0031  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000309112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0090  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00126509  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0096  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000162455  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0076  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  48.1  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000654825  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0111  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000122567  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0008  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000307717  hitchhiker  0.0000000040984 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0075  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000781608  hitchhiker  0.00063206 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0105  tRNA-Ser  96.43 
 
 		 92 bp  48.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000566393  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-3  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.86368  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t68  tRNA-Ser  83.78 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.613461  normal  0.197969 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0002  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t07  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506644  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0058  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 94 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0010  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.600875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.328322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0039  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174136  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0024  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0063  tRNA-Ser  83.78 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0394171  normal  0.40754 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0082  tRNA-Ser  83.78 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0897  tRNA-Ser  100 
 
 		 95 bp  46.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000417881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0045  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000000150485  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0036  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.325342  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0203  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.829329  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0048  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000235294  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0044  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.134546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0025  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.112044  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0066  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00163913  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0011  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0060178  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0033  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.172474  normal  0.681526 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0054  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000379646  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0038  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0078  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000727042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000327404  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0046  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0633  tRNA-Ser  91.43 
 
 		 93 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.248026  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0037  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0675311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0041  tRNA-Ser  83.78 
 
 		 91 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0195063  normal  0.685776 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  100 
 
 		 92 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>