39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0425 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_0425  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 110 aa  218  1.9999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0839073  hitchhiker  0.0000787974 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0439  Cupin 2 conserved barrel domain protein  89.09 
 
 		 110 aa  193  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.395009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2546  cupin 2 domain-containing protein  55.45 
 
 		 109 aa  102  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0824  hypothetical protein  48.98 
 
 		 98 aa  99  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.794213  normal  0.445221 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5175  cupin 2 domain-containing protein  46.94 
 
 		 98 aa  91.7  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.29806 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3262  cupin 2, barrel  45.92 
 
 		 98 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5106  cupin 2 domain-containing protein  45.92 
 
 		 98 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0543  hypothetical protein  43.88 
 
 		 98 aa  84.7  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2346  cupin 2 domain-containing protein  42.53 
 
 		 100 aa  71.6  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2023  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2071  hypothetical protein  36.17 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3672  cupin 2 domain-containing protein  36.17 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3543  cupin 2 domain-containing protein  27.37 
 
 		 121 aa  58.2  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.76307  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2288  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.72 
 
 		 129 aa  53.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4314  cupin 2 domain-containing protein  29.79 
 
 		 128 aa  52.4  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.671076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4578  cupin 2 domain-containing protein  27.66 
 
 		 133 aa  51.6  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.753369 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3776  cupin 2 domain-containing protein  28.72 
 
 		 135 aa  50.4  0.000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.849059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1263  cupin 2 domain-containing protein  31.87 
 
 		 124 aa  50.8  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.56762  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3332  cyclic nucleotide-binding protein  29.9 
 
 		 130 aa  48.1  0.00004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2777  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.44 
 
 		 113 aa  48.1  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0722963  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2052  cyclic nucleotide-binding protein  26 
 
 		 134 aa  48.1  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0843968 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2471  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.44 
 
 		 113 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.285762  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32440  hypothetical protein  30.86 
 
 		 124 aa  47  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279284  normal  0.628291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2748  hypothetical protein  30.86 
 
 		 122 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1138  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.53 
 
 		 120 aa  47  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0773  cupin 2 protein  25.53 
 
 		 116 aa  47  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.707426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2878  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  39.39 
 
 		 161 aa  46.2  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.505096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2655  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  35.29 
 
 		 114 aa  45.1  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.104374  hitchhiker  0.00638268 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1032  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.72 
 
 		 121 aa  44.3  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1645  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35 
 
 		 112 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125951  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1740  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.42 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.778095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1718  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.75 
 
 		 112 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2229  cupin domain-containing protein  30 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.688365  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5709  cupin region  27.91 
 
 		 141 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2465  hypothetical protein  27.38 
 
 		 121 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0296269  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4738  putative mannose-6-phosphate isomerase  26.74 
 
 		 141 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0188561  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0747  cupin-like protein  39.22 
 
 		 169 aa  41.2  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.179804  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2288  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.37 
 
 		 120 aa  40.8  0.006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2572  cupin 2 domain-containing protein  24.47 
 
 		 121 aa  40.4  0.009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.149975  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>