36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0439 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0439  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 110 aa  220  6e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.395009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0425  Cupin 2 conserved barrel domain protein  89.09 
 
 		 110 aa  193  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0839073  hitchhiker  0.0000787974 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2546  cupin 2 domain-containing protein  57.43 
 
 		 109 aa  109  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0824  hypothetical protein  51.04 
 
 		 98 aa  98.6  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.794213  normal  0.445221 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5175  cupin 2 domain-containing protein  46.88 
 
 		 98 aa  88.6  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.29806 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0543  hypothetical protein  44.9 
 
 		 98 aa  88.2  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3262  cupin 2, barrel  45.83 
 
 		 98 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5106  cupin 2 domain-containing protein  45.83 
 
 		 98 aa  86.3  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2346  cupin 2 domain-containing protein  43.68 
 
 		 100 aa  76.3  0.0000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2071  hypothetical protein  35.48 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2023  cupin 2 domain-containing protein  34.41 
 
 		 128 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3672  cupin 2 domain-containing protein  35.48 
 
 		 128 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3543  cupin 2 domain-containing protein  29.03 
 
 		 121 aa  58.9  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.76307  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2288  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.33 
 
 		 129 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4314  cupin 2 domain-containing protein  33.33 
 
 		 128 aa  53.9  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.671076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1263  cupin 2 domain-containing protein  30.39 
 
 		 124 aa  51.6  0.000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.56762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4578  cupin 2 domain-containing protein  27.66 
 
 		 133 aa  49.7  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.753369 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32440  hypothetical protein  32.5 
 
 		 124 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279284  normal  0.628291 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2748  hypothetical protein  32.5 
 
 		 122 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1138  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.4 
 
 		 120 aa  48.5  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3776  cupin 2 domain-containing protein  34.33 
 
 		 135 aa  48.1  0.00004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.849059  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2052  cyclic nucleotide-binding protein  26 
 
 		 134 aa  47.4  0.00006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0843968 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4738  putative mannose-6-phosphate isomerase  29.07 
 
 		 141 aa  46.6  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0188561  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3332  cyclic nucleotide-binding protein  28.12 
 
 		 130 aa  46.6  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0773  cupin 2 protein  27.55 
 
 		 116 aa  45.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.707426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1032  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.96 
 
 		 121 aa  45.1  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1645  Cupin 2 conserved barrel domain protein  33.75 
 
 		 112 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.125951  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1740  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.33 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.778095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2229  cupin domain-containing protein  28.75 
 
 		 115 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.688365  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2878  Cupin 2 conserved barrel domain-containing protein  40.38 
 
 		 161 aa  43.5  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.505096  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2288  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.33 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1718  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.5 
 
 		 112 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2471  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.65 
 
 		 113 aa  42.4  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.285762  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2777  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.65 
 
 		 113 aa  42  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0722963  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5709  cupin region  26.74 
 
 		 141 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5232  hypothetical protein  25.88 
 
 		 131 aa  41.6  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.234619 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>