43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4795 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4795  outer membrane insertion C-terminal signal  100 
 
 		 263 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.814191  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3911  hypothetical protein  74.8 
 
 		 264 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1310  hypothetical protein  70.19 
 
 		 265 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.282848  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4110  hypothetical protein  57.76 
 
 		 274 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.2521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1117  hypothetical protein  53.07 
 
 		 274 aa  269  2.9999999999999997e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2970  hypothetical protein  50 
 
 		 276 aa  252  5.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1819  hypothetical protein  38.26 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4835  porin  32.06 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.711425  normal  0.926362 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5303  porin  31.89 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5381  outer membrane insertion C-terminal signal  31.46 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0409917  normal  0.642403 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4552  porin  30.14 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.477499  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4340  porin  30.06 
 
 		 314 aa  100  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.212684 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3063  porin  28.52 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.612608  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  28.28 
 
 		 248 aa  60.5  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  26.72 
 
 		 201 aa  58.5  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  23.83 
 
 		 255 aa  57.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  28.62 
 
 		 258 aa  57.4  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  26.64 
 
 		 250 aa  56.6  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  34.27 
 
 		 703 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  24.91 
 
 		 234 aa  52.8  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  33.71 
 
 		 703 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  24.01 
 
 		 225 aa  52  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  26.39 
 
 		 228 aa  51.2  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  24.35 
 
 		 207 aa  50.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1213  omp25/ropB family outer membrane protein  24.33 
 
 		 284 aa  48.9  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000007665  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  26.15 
 
 		 230 aa  48.9  0.00009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  28.37 
 
 		 703 aa  48.9  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  26.15 
 
 		 230 aa  48.9  0.00009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  25.18 
 
 		 213 aa  48.1  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5167  putative outer-membrane immunogenic protein precursor  25.8 
 
 		 236 aa  48.5  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.165594  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3103  OmpA-like transmembrane region  25.98 
 
 		 236 aa  47.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.309907  normal  0.21357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  25.83 
 
 		 997 aa  47  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  28.74 
 
 		 254 aa  47.4  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  27.5 
 
 		 240 aa  45.4  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  25.74 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  24.26 
 
 		 213 aa  44.3  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  22.96 
 
 		 232 aa  43.9  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5028  porin  29.35 
 
 		 274 aa  43.5  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.654238  normal  0.049005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4568  porin  29.35 
 
 		 274 aa  43.5  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.170806  normal  0.117161 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2199  putative outer membrane protein  26.64 
 
 		 237 aa  43.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.127788 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  24.07 
 
 		 229 aa  42.7  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1941  outer membrane protein  25.17 
 
 		 254 aa  42.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  26.7 
 
 		 229 aa  42.4  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>