20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2297 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4700  hypothetical protein  72.54 
 
 		 2698 aa  3924    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.709916  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2297  putative signal peptide protein  100 
 
 		 2742 aa  5554    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.992598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  34.26 
 
 		 4978 aa  94.4  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3182  hypothetical protein  34.01 
 
 		 1416 aa  79  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1702  hypothetical protein  35.53 
 
 		 1512 aa  75.1  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  34.29 
 
 		 2816 aa  60.8  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3623  outer membrane adhesin like protein  33.82 
 
 		 5745 aa  60.1  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000322965 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2298  putative signal peptide protein  25.49 
 
 		 532 aa  56.2  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288509  normal  0.262712 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3952  hypothetical protein  27.53 
 
 		 3191 aa  55.5  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627694  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1167  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.73 
 
 		 1884 aa  53.9  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20050  hypothetical protein  31.58 
 
 		 721 aa  52.8  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.127306  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3162  multicopper oxidase type 3  24.66 
 
 		 371 aa  52  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2565  hypothetical protein  36.84 
 
 		 464 aa  50.8  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000041673 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3869  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.72 
 
 		 3816 aa  50.1  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1610  multicopper oxidase type 3  23.87 
 
 		 354 aa  48.9  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.165736  normal  0.896252 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2618  polymorphic outer membrane protein  24.23 
 
 		 863 aa  47.8  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3256  outer membrane adhesin like proteiin  33.7 
 
 		 1268 aa  47  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4855  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.68 
 
 		 2114 aa  47  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.656621  normal  0.707732 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4701  multicopper oxidase type 3  23.84 
 
 		 531 aa  47  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0213399  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3161  outer membrane adhesin-like protein  33.52 
 
 		 1269 aa  47  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>