25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2921 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2921  hypothetical protein  100 
 
 		 147 aa  289  8e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384363  normal  0.563491 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2550  hypothetical protein  89.93 
 
 		 149 aa  226  6e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2821  hypothetical protein  80 
 
 		 150 aa  197  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0637274  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4764  hypothetical protein  69.64 
 
 		 153 aa  164  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.544851 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0810  hypothetical protein  53.1 
 
 		 144 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.180444  normal  0.0921334 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3745  hypothetical protein  48.51 
 
 		 158 aa  108  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.669424 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0884  hypothetical protein  54.87 
 
 		 144 aa  105  1e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119116 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0362  translation initiation factor 2, gamma subunit, GTPase  44.63 
 
 		 143 aa  105  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.994449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0844  hypothetical protein  53.98 
 
 		 144 aa  103  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.584342  decreased coverage  0.00416761 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0357  hypothetical protein  46.43 
 
 		 153 aa  100  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.453478  normal  0.891499 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3077  hypothetical protein  43.08 
 
 		 157 aa  94.7  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00471105  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7183  translation initiation factor 2 GTPase  44.35 
 
 		 192 aa  85.5  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.747071  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1934  translation initiation factor 2, gamma subunit, GTPase  40.98 
 
 		 126 aa  81.6  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.30886  normal  0.0103146 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1702  hypothetical membrane associated protein  36.07 
 
 		 140 aa  63.2  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.641444  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0487  putative lipoprotein  36.07 
 
 		 140 aa  62.4  0.000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.266885  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1208  hypothetical protein  33.08 
 
 		 254 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.775507  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2074  hypothetical protein  30.87 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.560807  normal  0.465061 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2566  hypothetical protein  36.44 
 
 		 171 aa  55.8  0.0000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.237143  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2532  conserved hypothetical protein; putative conserved domain  30.36 
 
 		 157 aa  55.1  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165236  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0847  hypothetical protein  30.63 
 
 		 134 aa  53.9  0.0000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.104899  normal  0.523953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2053  hypothetical protein  31.33 
 
 		 153 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.201224 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1247  hypothetical protein  29.5 
 
 		 169 aa  51.2  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.193332  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2475  hypothetical protein  34.33 
 
 		 312 aa  51.2  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000341463  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1478  hypothetical protein  31.62 
 
 		 156 aa  49.7  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3388  hypothetical protein  31.51 
 
 		 150 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.130898 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>