150 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2406 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3548  protein of unknown function DUF482  82.77 
 
 		 409 aa  684    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.459173  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1425  hypothetical protein  74.33 
 
 		 414 aa  635    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.625932  normal  0.472174 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2406  hypothetical protein  100 
 
 		 411 aa  846    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.688762  normal  0.186145 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3315  hypothetical protein  81.82 
 
 		 406 aa  661    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.479503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3045  hypothetical protein  90.27 
 
 		 411 aa  730    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2450  hypothetical protein  73.17 
 
 		 417 aa  629  1e-179  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.456626  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4753  hypothetical protein  75.62 
 
 		 402 aa  628  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.51971 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2322  hypothetical protein  62.75 
 
 		 427 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.483949 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1377  hypothetical protein  62.72 
 
 		 397 aa  494  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4593  hypothetical protein  58.91 
 
 		 405 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.218764 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1121  hypothetical protein  63.59 
 
 		 395 aa  491  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.702528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0166  protein of unknown function DUF482  59.41 
 
 		 405 aa  486  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0717665  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1772  protein of unknown function DUF482  63.24 
 
 		 396 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.118924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4316  hypothetical protein  60.4 
 
 		 406 aa  481  1e-134  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.371847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1575  protein of unknown function DUF482  63.24 
 
 		 396 aa  480  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.645858  normal  0.365702 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4685  protein of unknown function DUF482  60.65 
 
 		 406 aa  481  1e-134  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.3312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3791  hypothetical protein  60.5 
 
 		 390 aa  477  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.325432 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2533  hypothetical protein  58.42 
 
 		 402 aa  473  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.941945  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1167  hypothetical protein  58.25 
 
 		 395 aa  468  1.0000000000000001e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0877771  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1124  hypothetical protein  58.5 
 
 		 395 aa  469  1.0000000000000001e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.326303  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2802  hypothetical protein  56.62 
 
 		 398 aa  468  1.0000000000000001e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0294833  normal  0.670826 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2025  hypothetical protein  56.93 
 
 		 405 aa  466  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4833  protein of unknown function DUF482  60.25 
 
 		 406 aa  457  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.261808  normal  0.379038 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1665  hypothetical protein  56.48 
 
 		 418 aa  443  1e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.750799  normal  0.0965206 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0745  protein of unknown function DUF482  56.16 
 
 		 413 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00828305 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2734  hypothetical protein  52.35 
 
 		 385 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3142  hypothetical protein  60.71 
 
 		 386 aa  426  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0531471 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2475  hypothetical protein  51.49 
 
 		 395 aa  404  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.407377  normal  0.0590595 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0252  hypothetical protein  53.35 
 
 		 393 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.349993 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0896  hypothetical protein  52.85 
 
 		 414 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0437  hypothetical protein  49.63 
 
 		 387 aa  393  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2555  hypothetical protein  52.36 
 
 		 414 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2786  hypothetical protein  58.13 
 
 		 381 aa  392  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3103  hypothetical protein  51.79 
 
 		 376 aa  384  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.73421  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0135  protein of unknown function DUF482  49.26 
 
 		 406 aa  384  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1114  protein of unknown function DUF482  50.89 
 
 		 392 aa  381  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.333144 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2105  hypothetical protein  49.38 
 
 		 438 aa  379  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.261264  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2458  hypothetical protein  48.63 
 
 		 423 aa  372  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1294  hypothetical protein  48.14 
 
 		 393 aa  358  8e-98  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.724983  normal  0.811045 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3005  hypothetical protein  53.52 
 
 		 383 aa  355  6.999999999999999e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.275105 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2871  hypothetical protein  41.58 
 
 		 388 aa  316  4e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0822  hypothetical protein  40.29 
 
 		 390 aa  314  9.999999999999999e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.295229  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4050  hypothetical protein  44.89 
 
 		 375 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0657  hypothetical protein  46.88 
 
 		 373 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4543  hypothetical protein  42.89 
 
 		 403 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3837  hypothetical protein  44.35 
 
 		 375 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.29195  normal  0.855927 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1347  hypothetical protein  42.64 
 
 		 394 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.452511  normal  0.193359 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0877  hypothetical protein  45.5 
 
 		 392 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1425  hypothetical protein  40.75 
 
 		 374 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.345024 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1930  hypothetical protein  38.66 
 
 		 405 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0856188 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2611  hypothetical protein  44.42 
 
 		 415 aa  302  7.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2417  hypothetical protein  45.41 
 
 		 392 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.673667  normal  0.0190965 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1801  hypothetical protein  45.14 
 
 		 392 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2413  hypothetical protein  45.14 
 
 		 392 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2323  hypothetical protein  43.8 
 
 		 392 aa  300  4e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.471895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2534  hypothetical protein  45.22 
 
 		 384 aa  299  6e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3397  hypothetical protein  43.21 
 
 		 389 aa  299  6e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6252  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4092  hypothetical protein  43.66 
 
 		 375 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2458  hypothetical protein  43.54 
 
 		 374 aa  298  1e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3828  hypothetical protein  43.38 
 
 		 375 aa  297  3e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210412  normal  0.0118616 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5740  hypothetical protein  44.56 
 
 		 392 aa  296  3e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1116  protein of unknown function DUF482  43.21 
 
 		 389 aa  296  4e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.492606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2007  protein of unknown function DUF482  39.5 
 
 		 392 aa  296  6e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.199374  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2273  hypothetical protein  42.4 
 
 		 392 aa  295  1e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1083  hypothetical protein  42.89 
 
 		 441 aa  295  1e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1088  hypothetical protein  42.89 
 
 		 441 aa  295  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.267189  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0740  hypothetical protein  42.4 
 
 		 441 aa  294  2e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.391728  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1241  hypothetical protein  42.89 
 
 		 464 aa  294  2e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1715  hypothetical protein  44.32 
 
 		 377 aa  294  2e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0679  hypothetical protein  42.48 
 
 		 400 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.321665 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3011  hypothetical protein  42.16 
 
 		 392 aa  293  6e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.350718  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1586  hypothetical protein  42.16 
 
 		 392 aa  293  6e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.215515  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0881  hypothetical protein  43.99 
 
 		 410 aa  292  8e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2170  hypothetical protein  41.62 
 
 		 390 aa  291  2e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.164145  hitchhiker  0.00000155889 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2969  hypothetical protein  43.58 
 
 		 381 aa  288  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22410  hypothetical protein  41.58 
 
 		 374 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000252116 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19080  hypothetical protein  43.28 
 
 		 374 aa  286  7e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1249  hypothetical protein  40.25 
 
 		 374 aa  286  7e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.25813 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0804  hypothetical protein  44.41 
 
 		 402 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1140  hypothetical protein  36.1 
 
 		 394 aa  281  1e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3885  protein of unknown function DUF482  39.81 
 
 		 411 aa  281  1e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.854025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2157  hypothetical protein  41.6 
 
 		 455 aa  280  4e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391826  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1896  hypothetical protein  43.66 
 
 		 374 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.376681  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0679  hypothetical protein  35.91 
 
 		 374 aa  276  5e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.323848  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3017  hypothetical protein  37.3 
 
 		 384 aa  276  7e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1758  protein of unknown function DUF482  39.18 
 
 		 426 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2348  hypothetical protein  41.65 
 
 		 408 aa  272  8.000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.291454  normal  0.220022 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1708  hypothetical protein  37.53 
 
 		 418 aa  268  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1930  protein of unknown function DUF482  39.84 
 
 		 374 aa  267  2.9999999999999995e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.207995 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1793  hypothetical protein  41.78 
 
 		 382 aa  264  3e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.426104  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0114  hypothetical protein  39.43 
 
 		 421 aa  263  4e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139598  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2296  hypothetical protein  40.25 
 
 		 421 aa  263  4e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.124232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2563  protein of unknown function DUF482  41.18 
 
 		 410 aa  263  4e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.871216  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1444  protein of unknown function DUF482  39.4 
 
 		 411 aa  263  4.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2359  protein of unknown function DUF482  39.73 
 
 		 393 aa  261  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.597494  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2159  protein of unknown function DUF482  41.18 
 
 		 410 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.296465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3841  hypothetical protein  36.19 
 
 		 416 aa  259  5.0000000000000005e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.614644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2114  hypothetical protein  40 
 
 		 391 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0393548 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3121  hypothetical protein  38.76 
 
 		 438 aa  259  8e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2368  hypothetical protein  39.75 
 
 		 398 aa  258  2e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181768  normal  0.305905 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>