28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4807 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4807  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 154 aa  305  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4468  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 163 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125773 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  29.25 
 
 		 146 aa  56.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  35.23 
 
 		 97 aa  44.7  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 182 aa  44.7  0.0005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 97 aa  44.7  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 96 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  34.52 
 
 		 96 aa  43.9  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 98 aa  43.9  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  34.09 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 182 aa  43.1  0.001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  35.71 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  35.8 
 
 		 96 aa  42.4  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 182 aa  42  0.003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 97 aa  41.6  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 207 aa  41.2  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3309  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 209 aa  40.8  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2645  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 95 aa  41.2  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.404416  normal  0.0532346 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 191 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 191 aa  40.8  0.007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 106 aa  40.4  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  33.73 
 
 		 90 aa  40.4  0.009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 474 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 101 aa  40.4  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>