38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4477 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0909  hypothetical protein  96.05 
 
 		 354 aa  694    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0977  lipoprotein  92.66 
 
 		 354 aa  670    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00313194 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4477  lipoprotein  100 
 
 		 354 aa  716    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.24024  normal  0.364663 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0948  periplasmic lipoprotein-like protein  95.76 
 
 		 354 aa  693    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4490  putative lipoprotein  82.2 
 
 		 354 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4368  lipoprotein, putative  79.1 
 
 		 354 aa  528  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4064  putative lipoprotein  79.66 
 
 		 354 aa  529  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.82498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4941  putative lipoprotein  73.8 
 
 		 354 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56850  putative lipoprotein  73.8 
 
 		 354 aa  524  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3297  periplasmic lipoprotein-like protein  60 
 
 		 353 aa  420  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37860  hypothetical protein  58.76 
 
 		 354 aa  410  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.214112  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2835  periplasmic lipoprotein  29.77 
 
 		 344 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.962002  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1784  putative lipoprotein  28.09 
 
 		 339 aa  122  7e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.327643  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003125  iron-regulated protein A precursor  30.1 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.392653  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02712  hypothetical protein  30.1 
 
 		 345 aa  119  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1370  hypothetical protein  30.45 
 
 		 338 aa  118  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.378457 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3527  putative signal peptide protein  27.12 
 
 		 377 aa  115  7.999999999999999e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.793517  normal  0.789193 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4313  hypothetical protein  24.77 
 
 		 366 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0885  putative lipoprotein  30.13 
 
 		 335 aa  110  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.584322  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4576  hypothetical protein  25 
 
 		 366 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0333  hypothetical protein  25 
 
 		 374 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2203  hypothetical protein  26.14 
 
 		 342 aa  91.7  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2559  periplasmic lipoprotein-like protein  26.61 
 
 		 352 aa  85.5  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0351138  hitchhiker  0.00000000167803 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0565  hypothetical protein  26.72 
 
 		 338 aa  83.2  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2084  hypothetical protein  25.53 
 
 		 387 aa  82  0.00000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.868997 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0195  putative signal peptide protein  27.46 
 
 		 329 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.533491  normal  0.303405 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1802  hypothetical protein  26.44 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0641  hypothetical protein  24.79 
 
 		 358 aa  72.4  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1544  signal peptide protein  26.87 
 
 		 329 aa  70.1  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3024  periplasmic lipoprotein-like protein  28.75 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00846426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3870  Peptidase M75, Imelysin  23.78 
 
 		 391 aa  66.6  0.0000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.755425  normal  0.516703 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3194  hypothetical protein  26.25 
 
 		 373 aa  62.8  0.000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.967593  normal  0.475895 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2143  periplasmic lipoprotein-like protein  25 
 
 		 380 aa  61.6  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0403933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1527  periplasmic lipoprotein-like protein  24.26 
 
 		 361 aa  56.6  0.0000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0309667 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2563  periplasmic lipoprotein-like protein  25.23 
 
 		 369 aa  51.2  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.440484  hitchhiker  0.00108015 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0668  hypothetical protein  19.72 
 
 		 378 aa  47.8  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0864322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1923  periplasmic lipoprotein-like protein  24.08 
 
 		 375 aa  46.6  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.576984  hitchhiker  0.00344401 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2721  Peptidase M75, Imelysin  25.37 
 
 		 425 aa  45.4  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00128061  normal  0.730271 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>