More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_1236 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_1236  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 197 aa  400  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.467034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0620  transcriptional regulator CysB-like protein  95.06 
 
 		 313 aa  315  3e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0418657  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2818  transcriptional regulator CysB-like protein  75.93 
 
 		 313 aa  265  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2698  transcriptional regulator CysB-like protein  75.93 
 
 		 313 aa  264  8e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2691  transcriptional regulator CysB-like protein  74.69 
 
 		 313 aa  263  2e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.644017  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2427  transcriptional regulator CysB-like protein  75.31 
 
 		 313 aa  262  2e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2231  transcriptional regulator CysB-like protein  74.69 
 
 		 313 aa  262  2e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0969  transcriptional regulator CysB-like protein  74.39 
 
 		 313 aa  258  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3665  transcriptional regulator CysB-like protein  73.78 
 
 		 313 aa  256  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.891363 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2236  transcriptional regulator CysB-like protein  73.33 
 
 		 313 aa  256  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2393  transcriptional regulator CysB-like protein  73.78 
 
 		 313 aa  255  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2525  transcriptional regulator CysB-like protein  73.78 
 
 		 313 aa  255  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2936  transcriptional regulator CysB-like protein  73.78 
 
 		 313 aa  255  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0662  transcriptional regulator CysB-like protein  73.78 
 
 		 313 aa  255  4e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.631688  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1005  transcriptional regulator CysB-like protein  73.78 
 
 		 313 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1165  transcriptional regulator CysB-like protein  73.78 
 
 		 313 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2349  transcriptional regulator CysB-like protein  73.78 
 
 		 313 aa  255  4e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1012  transcriptional regulator CysB-like protein  73.78 
 
 		 313 aa  255  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1663  transcriptional regulator CysB-like protein  73.78 
 
 		 313 aa  255  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0813  transcriptional regulator CysB-like protein  73.78 
 
 		 313 aa  254  5e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0818  transcriptional regulator CysB-like protein  73.17 
 
 		 313 aa  254  7e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5807  transcriptional regulator CysB-like protein  73.17 
 
 		 313 aa  253  9e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0834641 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  73.17 
 
 		 313 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2481  transcriptional regulator CysB-like protein  73.17 
 
 		 313 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2476  transcriptional regulator CysB-like protein  73.17 
 
 		 313 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.14516  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3166  transcriptional regulator CysB-like protein  58.02 
 
 		 313 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2726  transcriptional regulator CysB-like protein  58.02 
 
 		 313 aa  199  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.634553  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2404  transcriptional regulator CysB-like protein  58.02 
 
 		 314 aa  198  3.9999999999999996e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.044463  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1917  transcriptional regulator CysB-like protein  56.79 
 
 		 313 aa  196  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.832664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1721  transcriptional regulator CysB-like protein  56.79 
 
 		 313 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2173  transcriptional regulator CysB-like protein  57.41 
 
 		 314 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.147691 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3535  transcriptional regulator CysB-like protein  55.56 
 
 		 326 aa  196  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820033 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1946  transcriptional regulator CysB-like protein  54.6 
 
 		 317 aa  194  6e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.226921  normal  0.0811949 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1777  transcriptional regulator CysB-like protein  55.76 
 
 		 308 aa  192  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1582  transcriptional regulator CysB-like protein  55.76 
 
 		 308 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.610687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1632  transcriptional regulator CysB-like protein  55.76 
 
 		 308 aa  193  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1521  transcriptional regulator CysB-like protein  55.76 
 
 		 308 aa  192  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4743  transcriptional regulator CysB-like protein  55.76 
 
 		 308 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.217696  normal  0.701162 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2476  transcriptional regulator CysB-like protein  55.15 
 
 		 308 aa  192  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2466  transcriptional regulator CysB-like protein  55.76 
 
 		 308 aa  192  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.387168 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4926  transcriptional regulator CysB-like protein  55.56 
 
 		 313 aa  193  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.74642 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1501  transcriptional regulator CysB-like protein  55.76 
 
 		 308 aa  192  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33535  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1605  transcriptional regulator CysB-like protein  55.76 
 
 		 308 aa  193  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339549  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0810  transcriptional regulator CysB-like protein  55.15 
 
 		 308 aa  192  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.259681  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1205  transcriptional regulator CysB-like protein  55.15 
 
 		 308 aa  192  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.215298  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1851  transcriptional regulator CysB-like protein  55.15 
 
 		 308 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2018  transcriptional regulator CysB-like protein  55.15 
 
 		 308 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.962244  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1694  transcriptional regulator CysB-like protein  55.15 
 
 		 308 aa  192  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.272702  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0350  transcriptional regulator CysB-like protein  55.15 
 
 		 308 aa  192  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0871745  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  55.15 
 
 		 308 aa  192  3e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.625225  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2599  transcriptional regulator CysB-like protein  55.56 
 
 		 321 aa  192  4e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.174943 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1125  transcriptional regulator CysB-like protein  55.15 
 
 		 308 aa  192  4e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1625  transcriptional regulator CysB-like protein  54.55 
 
 		 308 aa  191  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.879627  normal  0.658708 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2129  transcriptional regulator CysB-like protein  53.94 
 
 		 311 aa  190  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.74673e-16  decreased coverage  0.00000124662 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1287  transcriptional regulator CysB-like protein  56.33 
 
 		 319 aa  188  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.767639  normal  0.313196 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1224  transcriptional regulator CysB-like protein  56.33 
 
 		 319 aa  188  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.178615  normal  0.191747 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1348  transcriptional regulator CysB-like protein  55.06 
 
 		 327 aa  185  4e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1379  transcriptional regulator CysB-like protein  52.73 
 
 		 316 aa  181  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1967  transcriptional regulator CysB-like protein  54.43 
 
 		 315 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  52.15 
 
 		 312 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0127  LysR family transcriptional regulator  53.99 
 
 		 311 aa  178  4.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.191807  hitchhiker  0.00233416 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5610  LysR family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 354 aa  177  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0800  transcriptional regulator CysB-like protein  51.53 
 
 		 313 aa  177  8e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0699  sulfur assimilation transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 320 aa  177  9e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.735105  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0847  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 320 aa  177  9e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.960379 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3810  LysR family transcriptional regulator  54.32 
 
 		 312 aa  177  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.251082 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1296  transcriptional regulator, LysR family  47.85 
 
 		 320 aa  175  4e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2112  transcriptional regulator CysB-like protein  58.64 
 
 		 317 aa  175  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1739  transcriptional regulator CysB-like protein  51.52 
 
 		 314 aa  174  5e-43  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  unclonable  0.000000279611  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01897  DNA-binding transcriptional activator of cysteine biosynthesis  50.62 
 
 		 316 aa  170  1e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000685239  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1668  transcriptional regulator, LysR family  50.62 
 
 		 316 aa  170  1e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000112362  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2269  transcriptional regulator Cbl  50.62 
 
 		 316 aa  170  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000889139  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2110  transcriptional regulator Cbl  50.62 
 
 		 316 aa  170  1e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.3178700000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0963  LysR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 308 aa  170  1e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.377381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1137  transcriptional regulator Cbl  50.62 
 
 		 316 aa  170  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142733  hitchhiker  0.0000552963 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01886  hypothetical protein  50.62 
 
 		 316 aa  170  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000554591  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1658  transcriptional regulator Cbl  50.62 
 
 		 316 aa  169  2e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000765107  normal  0.0208007 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2910  transcriptional regulator CysB-like protein  51.53 
 
 		 313 aa  169  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170902  normal  0.254391 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2831  transcriptional regulator Cbl  50.62 
 
 		 316 aa  169  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000101541  normal  0.682702 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0971  transcriptional regulator Cbl  50.62 
 
 		 316 aa  169  3e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000168411  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1145  transcriptional regulator CysB-like protein  52.15 
 
 		 308 aa  167  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207377  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0621  transcriptional regulator CysB-like protein  47.53 
 
 		 309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2292  transcriptional regulator CysB-like protein  50.31 
 
 		 306 aa  155  2e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.524252  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1697  transcriptional regulator CysB  46.91 
 
 		 326 aa  155  4e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.828749 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1805  transcriptional regulator CysB  45.06 
 
 		 324 aa  153  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  0.0101242 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2077  transcriptional regulator CysB  43.56 
 
 		 324 aa  153  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0047105 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  45.4 
 
 		 333 aa  153  1e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23140  transcriptional regulator CysB  43.56 
 
 		 324 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2839  transcriptional regulator CysB  45.06 
 
 		 324 aa  153  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.462693  hitchhiker  0.00000219555 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2279  Cys regulon transcriptional activator  43.56 
 
 		 324 aa  153  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0003435  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2341  transcriptional regulator CysB  44.24 
 
 		 335 aa  153  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00664929 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2546  transcriptional regulator CysB  43.56 
 
 		 324 aa  152  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000891923 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1928  transcriptional regulator CysB  43.56 
 
 		 324 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0221409  hitchhiker  0.0000000000199307 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2327  transcriptional regulator CysB  43.56 
 
 		 324 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184075  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3443  transcriptional regulator CysB  43.56 
 
 		 324 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0457028  hitchhiker  0.00255719 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0071  LysR family transcriptional regulator  50.92 
 
 		 314 aa  152  2.9999999999999998e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1768  transcriptional regulator CysB  43.56 
 
 		 324 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000142013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4003  transcriptional regulator CysB  43.56 
 
 		 324 aa  151  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.260583  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0061  transcriptional regulator, LysR family  51.53 
 
 		 314 aa  151  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1624  transcriptional regulator CysB  44.44 
 
 		 324 aa  151  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.239161  normal  0.11593 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>