More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1297 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
307 aa  624  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.336773  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1931  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.58 
 
 
311 aa  351  1e-95  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.368828 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1789  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.01 
 
 
310 aa  337  9.999999999999999e-92  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4200  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  49.34 
 
 
313 aa  328  6e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.279914  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4620  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.04 
 
 
312 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000717233 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.71 
 
 
312 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.144888  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4108  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  40.51 
 
 
320 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.353388  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0361  fucose synthetase family protein  40.73 
 
 
326 aa  232  7.000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0252323  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1010  GDP-L-fucose synthetase  38.98 
 
 
321 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2987  GDP-L-fucose synthetase  38.98 
 
 
321 aa  231  8.000000000000001e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201772 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01958  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/ GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  38.98 
 
 
321 aa  231  9e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.881949  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1605  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.98 
 
 
321 aa  231  9e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.171954  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0418  fucose synthetase family protein  40.73 
 
 
326 aa  231  9e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0709177  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.12 
 
 
321 aa  231  9e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.384606 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01947  hypothetical protein  38.98 
 
 
321 aa  231  9e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.61 
 
 
324 aa  231  1e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.721722  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2345  GDP-L-fucose synthetase  38.98 
 
 
321 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3150  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.41 
 
 
324 aa  231  1e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6434  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.4 
 
 
345 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.141904 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1180  GDP-L-fucose synthetase  38.66 
 
 
321 aa  229  3e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.66 
 
 
321 aa  229  3e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11546  nucleotide-sugar epimerase epiA  43.61 
 
 
322 aa  229  5e-59  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.98 
 
 
356 aa  229  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.435131  normal  0.526104 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.13 
 
 
316 aa  228  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1528  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.34 
 
 
337 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1668  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.24 
 
 
312 aa  227  2e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0254  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.58 
 
 
329 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3371  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.07 
 
 
326 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3040  GDP-L-fucose synthetase  37.7 
 
 
321 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2872  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.35 
 
 
323 aa  226  4e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429243  normal  0.669415 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3182  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.7 
 
 
321 aa  226  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.092333  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1526  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.73 
 
 
317 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2350  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.04 
 
 
312 aa  226  5.0000000000000005e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0624  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.61 
 
 
308 aa  225  7e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43 
 
 
312 aa  224  1e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.195142  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.53 
 
 
319 aa  224  1e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00831994  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1253  GDP-L-fucose synthetase  37.38 
 
 
321 aa  224  1e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000974466  hitchhiker  0.000000000000993367 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2666  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.34 
 
 
321 aa  224  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.350076 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1084  putative GDP-fucose synthetase  40.85 
 
 
316 aa  223  4e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0035  GDP-fucose synthetase  36.51 
 
 
312 aa  222  7e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0178713 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5711  GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase /GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  40.53 
 
 
316 aa  222  7e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.62 
 
 
333 aa  221  9e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0947626  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3192  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.87 
 
 
326 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4242  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.32 
 
 
311 aa  221  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0896711  normal  0.0692369 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0822  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.14 
 
 
319 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2967  GDP-L-fucose synthetase  37.06 
 
 
321 aa  219  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000296227 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0771  bifunctional GDP-fucose synthetase: GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase and GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  37.06 
 
 
322 aa  219  3e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0933619 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1313  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.42 
 
 
320 aa  219  6e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2842  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.79 
 
 
324 aa  218  7e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1312  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.17 
 
 
321 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.757489 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3862  putative nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  39.47 
 
 
319 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2334  GDP-L-fucose synthetase  38.02 
 
 
321 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.371509 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0018  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.94 
 
 
318 aa  218  1e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2341  GDP-L-fucose synthetase  38.02 
 
 
321 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.21 
 
 
335 aa  217  2e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1828  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.85 
 
 
306 aa  217  2e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0122431 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2233  GDP-L-fucose synthetase  38.02 
 
 
321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.487603  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1147  GDP-L-fucose synthetase  39.56 
 
 
322 aa  216  4e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1864  GDP-L-fucose synthetase  36.51 
 
 
319 aa  216  4e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2290  GDP-L-fucose synthetase  38.02 
 
 
321 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.711318  normal  0.0100272 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2448  GDP-L-fucose synthetase  38.02 
 
 
321 aa  216  5.9999999999999996e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0192641 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4753  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.69 
 
 
324 aa  214  9.999999999999999e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6328  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.87 
 
 
305 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.8 
 
 
331 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.482517 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.05 
 
 
314 aa  213  4.9999999999999996e-54  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.660712  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0570  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.62 
 
 
326 aa  212  5.999999999999999e-54  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00285763  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1234  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.56 
 
 
310 aa  211  7.999999999999999e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4219  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.28 
 
 
309 aa  211  1e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.946237  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2613  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.11 
 
 
324 aa  210  2e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5688  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.25 
 
 
313 aa  210  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.874346 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2116  putative nucleotide di-P-sugar epimerase or dehydratase  35.85 
 
 
319 aa  209  4e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.987047 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.56 
 
 
322 aa  209  4e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13691  putative fucose synthetase  36.1 
 
 
332 aa  209  5e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0060  GDP-fucose synthetase  35.55 
 
 
308 aa  209  6e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.396896  normal  0.0281476 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.46 
 
 
306 aa  208  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.881493 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3191  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
324 aa  207  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.26933  normal  0.010449 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.87 
 
 
376 aa  207  2e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000078339  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0411  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.72 
 
 
314 aa  207  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3442  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.43 
 
 
310 aa  206  4e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14001  putative fucose synthetase  33.12 
 
 
322 aa  205  7e-52  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.881279  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2362  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.96 
 
 
313 aa  205  8e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000746713  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2384  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39 
 
 
316 aa  204  1e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.73165  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1700  GDP-fucose synthetase NAD dependent epimerase/dehydratase  37.91 
 
 
314 aa  204  1e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231068  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1235  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
320 aa  205  1e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0944  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.41 
 
 
324 aa  204  1e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221885  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0962  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.41 
 
 
324 aa  204  1e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.913976 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2092  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.35 
 
 
322 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1282  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.66 
 
 
320 aa  203  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2845  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.68 
 
 
308 aa  202  4e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  hitchhiker  0.00578096  normal  0.490082 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2695  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.5 
 
 
321 aa  202  4e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0303782 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0173  NAD dependent epimerase/dehydratase  39.58 
 
 
320 aa  202  6e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0818369  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.44 
 
 
320 aa  202  8e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4142  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.62 
 
 
313 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.627986 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.09 
 
 
337 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.878977  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5859  bifunctional GDP-4-dehydro-6-deoxy-D-mannose epimerase/GDP-4-dehydro-6-L-deoxygalactose reductase  37.05 
 
 
333 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0627  GDP-fucose synthetase  37.91 
 
 
314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0651  GDP-L-fucose synthetase  33.86 
 
 
323 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.193687  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1315  NAD dependent epimerase/dehydratase  37.01 
 
 
332 aa  199  3.9999999999999996e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1091  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.79 
 
 
309 aa  199  5e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3209  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.76 
 
 
347 aa  199  6e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>