182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2523 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_2523  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  100 
 
 
143 aa  303  4.0000000000000004e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.449226  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2912  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  52.63 
 
 
144 aa  168  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4581  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  52.99 
 
 
153 aa  166  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.3716  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0058  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  51.85 
 
 
151 aa  164  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3013  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  54.07 
 
 
141 aa  164  5e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3109  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  53.33 
 
 
141 aa  163  6.9999999999999995e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.412119  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1053  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  47.41 
 
 
140 aa  153  6e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2517  hypothetical protein  50.77 
 
 
138 aa  151  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570745  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2618  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  50 
 
 
138 aa  151  4e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1127  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  48.57 
 
 
143 aa  144  3e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.638659  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1778  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  46.43 
 
 
140 aa  144  3e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0942  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  44.12 
 
 
144 aa  142  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.583327  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4363  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  47.45 
 
 
134 aa  140  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.303475 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0590  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  43.66 
 
 
141 aa  137  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2548  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  45.93 
 
 
134 aa  136  8.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.947036  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3196  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  45.19 
 
 
134 aa  135  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.672281 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3882  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  50 
 
 
135 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3641  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  50 
 
 
135 aa  130  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.051183  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4314  hypothetical protein  48.87 
 
 
162 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2421  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  43.36 
 
 
146 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1553  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  48.12 
 
 
135 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0736  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  41.18 
 
 
139 aa  124  3e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0297  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  39.71 
 
 
137 aa  122  2e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.97705  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_43799  predicted protein  37.06 
 
 
149 aa  99.8  1e-20  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1172  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.27 
 
 
144 aa  99  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1147  hypothetical protein  37.5 
 
 
145 aa  97.1  7e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2808  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  37.5 
 
 
145 aa  97.1  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2780  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.62 
 
 
145 aa  93.2  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003386  hypothetical protein  42.71 
 
 
94 aa  82.4  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0485  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36.5 
 
 
143 aa  80.9  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.231758  normal  0.0484471 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0070  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  39.34 
 
 
123 aa  80.1  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2806  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.4 
 
 
131 aa  73.9  0.0000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.22176  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3578  hypothetical protein  35.59 
 
 
126 aa  73.2  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0728656  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1769  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.82 
 
 
146 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.868913  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1690  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.82 
 
 
146 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.165527  normal  0.728479 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1751  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.82 
 
 
146 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591601  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1588  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.82 
 
 
146 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1688  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.82 
 
 
146 aa  70.5  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.82122 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1379  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.06 
 
 
132 aa  69.7  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2224  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.09 
 
 
140 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.622287  normal  0.335155 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2005  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.5 
 
 
132 aa  67.8  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2058  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.82 
 
 
146 aa  67.8  0.00000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0739  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.15 
 
 
136 aa  66.6  0.00000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0879  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.23 
 
 
128 aa  65.5  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.168693 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3058  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  34.26 
 
 
131 aa  65.5  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0713  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.86 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3283  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  33.33 
 
 
136 aa  65.1  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1569  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.6 
 
 
135 aa  63.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.46941 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4073  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.03 
 
 
134 aa  63.2  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3282  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  33.33 
 
 
131 aa  62.4  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347186  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2892  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34.74 
 
 
141 aa  60.5  0.000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1698  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.35 
 
 
133 aa  58.5  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3257  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  31.48 
 
 
131 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158594  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3537  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  36 
 
 
154 aa  58.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385198  normal  0.188367 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0250  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  32.81 
 
 
152 aa  58.2  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1324  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.9 
 
 
137 aa  58.2  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2367  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.53 
 
 
142 aa  58.2  0.00000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.703282  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04936  hypothetical protein  29.6 
 
 
133 aa  57.4  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3395  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.51 
 
 
136 aa  57.8  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3022  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  28.93 
 
 
132 aa  57  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0883  hypothetical protein  29.31 
 
 
136 aa  55.5  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1928  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  34 
 
 
154 aa  55.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0516617  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0606  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  25.19 
 
 
148 aa  55.1  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.606293 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2154  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.19 
 
 
138 aa  55.1  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.300605  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3056  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.02 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00204984  hitchhiker  0.00341554 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.87 
 
 
136 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.959618  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1568  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.83 
 
 
158 aa  54.7  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2315  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.29 
 
 
166 aa  54.7  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.08295  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4770  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.7 
 
 
128 aa  54.3  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.251226  normal  0.268537 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0916  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.02 
 
 
134 aa  54.3  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.403663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2351  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.69 
 
 
132 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.598358  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0897  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.82 
 
 
136 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3478  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.82 
 
 
136 aa  53.5  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3119  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.72 
 
 
136 aa  53.5  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1412  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.91 
 
 
152 aa  53.1  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233929  normal  0.168461 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2456  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.59 
 
 
144 aa  52.8  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.198045  normal  0.396382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0381  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.92 
 
 
146 aa  52.4  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.543361  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2604  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  30.23 
 
 
144 aa  52.8  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351657  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1761  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  31.96 
 
 
154 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.161913 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0631  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  27.82 
 
 
162 aa  52.4  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.463993  normal  0.179081 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2041  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  25.2 
 
 
134 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000392642 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1907  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.5 
 
 
142 aa  52.4  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.39902  hitchhiker  0.0000265119 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3548  hypothetical protein  29.79 
 
 
129 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2040  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  32.32 
 
 
154 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3983  hypothetical protein  29.03 
 
 
131 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1503  hypothetical protein  28.83 
 
 
112 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3017  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  26.72 
 
 
136 aa  51.6  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.403214  normal  0.86852 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0884  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  29.82 
 
 
136 aa  51.6  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1877  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.23 
 
 
134 aa  51.6  0.000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.798516 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0403  hypothetical protein  29.59 
 
 
135 aa  51.2  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140726  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1182  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  30.56 
 
 
162 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0852446  normal  0.729931 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1872  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  28.57 
 
 
166 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.308799  normal  0.266462 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3564  hypothetical protein  26.77 
 
 
141 aa  51.2  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3022  hypothetical protein  31.31 
 
 
154 aa  50.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1035  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.36 
 
 
162 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.115298  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1362  hypothetical protein  29.06 
 
 
137 aa  50.1  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.98535e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3908  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  26.47 
 
 
136 aa  50.1  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2242  glutathione-dependent formaldehyde-activating, GFA  29.13 
 
 
161 aa  50.1  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0697  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.36 
 
 
162 aa  50.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.147302  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0716  glutathione-dependent formaldehyde-activating GFA  27.52 
 
 
166 aa  50.1  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.600163  normal  0.559359 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>