99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_rna3 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_rna3  tRNA-Gln  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.491814  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0014  tRNA-Gln  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323389  normal  0.291127 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0055  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0000526045  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0055  tRNA-Gln  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00371124  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0030  tRNA-Gln  95.35 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000771762  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4257  tRNA-Gln  95.35 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.43895e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0031  tRNA-Gln  95.35 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000750254  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4258  tRNA-Gln  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.53905e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0330  tRNA-Gln  95.35 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000145086  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t18  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0067  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.963096  normal  0.0255259 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0055  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5319  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.11036  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0029  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0015  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.365427  normal  0.400071 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0014  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.474255  normal  0.24378 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R75  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0688488  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R46  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856686  normal  0.887396 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0044  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.275376 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0033  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0070  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.374652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA19  tRNA-Gln  87.01 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.488771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0046  tRNA-Gln  86.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.53716e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0001  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.857987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0001  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.587536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0001  tRNA-Gln  89.29 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t54  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0869713 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61760  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.486139  hitchhiker  0.00483017 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t18  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.3091  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60300  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.18805  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60290  tRNA-Gln  86.49 
 
 		 72 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.184905  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0034  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495722  normal  0.146061 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gln-2  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.693396  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t016  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t017  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t020  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0098  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000673061  normal  0.144454 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0097  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000737452  normal  0.143651 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0094  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000300776  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0010  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0104  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000537672  normal  0.102798 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0103  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000561751  normal  0.100638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0101  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000260011  normal  0.104999 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0037  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000116845  normal  0.0255364 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln02  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00912183  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0035  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000486361  normal  0.144926 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0038  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000374137  normal  0.148016 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0035  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000023217  normal  0.116994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0036  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000579663  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0039  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000688787  normal  0.114963 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGln01  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017749  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0035  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000014299  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0050  tRNA-Gln  87.5 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000011016  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0033  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000210301  normal  0.0264572 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0034  tRNA-Gln  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000257252  normal  0.0258068 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0017  tRNA-Gln  90.7 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0188037  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0047  tRNA-Gln  84.21 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.907945  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0002  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0427348  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0003  tRNA-Gln  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0019  tRNA-Gln  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.349932  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0020  tRNA-Gln  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000533123  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0103  tRNA-Gln  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000000462888  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0102  tRNA-Gln  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119749  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0099  tRNA-Gln  88.64 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000895438  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0039  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00156517  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0032  tRNA-Gln  84.51 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00000308987  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0017  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0077  tRNA-Gln  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.273765 
 
 
-
 
NC_006369  lplt09  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt09  tRNA-Gln  85.71 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0040  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t011  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000894711  hitchhiker  0.000000000511472 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t012  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000011091  hitchhiker  0.000000000474372 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0110  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000374074  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0126  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000574735  hitchhiker  0.000475318 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0127  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.000488217 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0132  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000056335  normal  0.277016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0118  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000119427  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0117  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000121705  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0074  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000739317  normal  0.0440793 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0072  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000124926  normal  0.0423905 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0070  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000111082  normal  0.043537 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0109  tRNA-Gln  88.37 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000000980988  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1846  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1925  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00221935  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0235  tRNA-Tyr  100 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00420239  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0007  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00716985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0053  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0372642  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0006  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00260818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0043  tRNA-Gln  93.33 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.394082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0006  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0070986 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0005  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00725713 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0048  tRNA-Gln  88.1 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0051  tRNA-Gln  88.1 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00516636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0052  tRNA-Gln  88.1 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00572206  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0007  tRNA-Gln  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000424664  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0053  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000336503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0054  tRNA-Gln  89.47 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000300359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0046  tRNA-Gln  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0289454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>