62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4075 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_4075  carboxylate/amino acid/amine transporter  100 
 
 		 299 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.126831  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4358  carboxylate/amino acid/amine transporter  94.65 
 
 		 299 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3936  carboxylate/amino acid/amine transporter  77.59 
 
 		 318 aa  478  1e-134  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0183  carboxylate/amino acid/amine transporter  77.26 
 
 		 299 aa  468  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3954  carboxylate/amino acid/amine transporter  74.25 
 
 		 299 aa  455  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0263  carboxylate/amino acid/amine transporter  74.25 
 
 		 299 aa  455  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0240  carboxylate/amino acid/amine transporter  73.85 
 
 		 287 aa  428  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.214328 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3969  carboxylate/amino acid/amine transporter  69.23 
 
 		 299 aa  426  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03706  predicted inner membrane protein  65.22 
 
 		 299 aa  407  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03655  hypothetical protein  65.22 
 
 		 299 aa  407  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4194  10 TMS drug/metabolite exporter (DME) family protein  65.22 
 
 		 299 aa  407  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209407 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4152  carboxylate/amino acid/amine transporter  64.88 
 
 		 299 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4294  10 TMS Drug/Metabolite Exporter (DME) family  64.88 
 
 		 299 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4181  carboxylate/amino acid/amine transporter  64.88 
 
 		 299 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0864049 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4349  10 TMS drug/metabolite exporter (DME) family protein  64.88 
 
 		 299 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4051  10 TMS drug/metabolite exporter (DME) family protein  64.88 
 
 		 299 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1235  carboxylate/amino acid/amine transporter  55.82 
 
 		 291 aa  322  4e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001947  putative acetate efflux pump MadN  55.71 
 
 		 292 aa  314  9e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00531  permease  54.67 
 
 		 292 aa  309  2.9999999999999997e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2439  MadN protein  53.82 
 
 		 295 aa  301  1e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2726  hypothetical protein  52.35 
 
 		 286 aa  291  1e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.054013  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1920  inner membrane protein  51.59 
 
 		 284 aa  285  7e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0119644  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3134  hypothetical protein  47.93 
 
 		 292 aa  284  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1597  hypothetical protein  53.38 
 
 		 292 aa  280  2e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.483215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1276  hypothetical protein  50 
 
 		 288 aa  275  5e-73  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00521241  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0261  hypothetical protein  54.61 
 
 		 290 aa  272  4.0000000000000004e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01531  putative MadN protein  48.95 
 
 		 287 aa  272  4.0000000000000004e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.997992  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2175  protein of unknown function DUF6 transmembrane  47.84 
 
 		 289 aa  271  7e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000121987  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0684  hypothetical protein  49.64 
 
 		 287 aa  269  5e-71  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1302  MadN protein  50.87 
 
 		 291 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1236  hypothetical protein  49.62 
 
 		 265 aa  263  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.294327  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1652  hypothetical protein  54.12 
 
 		 286 aa  256  4e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19150  hypothetical protein  53.05 
 
 		 286 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.475633 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0339  hypothetical protein  50.89 
 
 		 292 aa  243  1.9999999999999999e-63  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.252118  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1433  carboxylate/amino acid/amine transporter  46.95 
 
 		 293 aa  240  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.720857  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1301  carboxylate/amino acid/amine transporter  51.27 
 
 		 290 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4083  hypothetical protein  44.1 
 
 		 292 aa  229  5e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.114876  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4043  carboxylate/amino acid/amine transporter  47.67 
 
 		 291 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.791434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3830  carboxylate/amino acid/amine transporter  48.03 
 
 		 291 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1354  carboxylate/amino acid/amine transporter  48.03 
 
 		 291 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.117278 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4537  carboxylate/amino acid/amine transporter  48.03 
 
 		 291 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3822  hypothetical protein  44.22 
 
 		 292 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0047105 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0974  conserved hypothetical protein, MadN family (DUF6 domain protein)  39.25 
 
 		 292 aa  209  6e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.634271  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2636  hypothetical protein  39.02 
 
 		 286 aa  165  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1849  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.97 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4998  hypothetical protein  28.06 
 
 		 300 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.390809  normal  0.999953 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0277  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.44 
 
 		 325 aa  55.5  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0439  YyaM  23.13 
 
 		 301 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1702  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.75 
 
 		 302 aa  48.1  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.352845  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3580  hypothetical protein  25.75 
 
 		 294 aa  47.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122357  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0031  drug/metabolite transporter  24.35 
 
 		 294 aa  47  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.6822  normal  0.556158 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0154  drug/metabolite transporter  24.35 
 
 		 294 aa  47  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.98831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1902  hypothetical protein  29.38 
 
 		 308 aa  47  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.344237 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3184  hypothetical protein  25.19 
 
 		 315 aa  46.2  0.0007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.546579  normal  0.703778 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1646  protein of unknown function DUF6 transmembrane  22.17 
 
 		 315 aa  45.4  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0506  hypothetical protein  31.03 
 
 		 290 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0252698 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4826  hypothetical protein  24.45 
 
 		 300 aa  43.5  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4552  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.41 
 
 		 333 aa  43.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.629192 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4181  hypothetical protein  29.41 
 
 		 310 aa  43.1  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2918  hypothetical protein  24.66 
 
 		 315 aa  42.4  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.103188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1614  hypothetical protein  25.62 
 
 		 270 aa  42.4  0.009  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.90138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2227  hypothetical protein  21.24 
 
 		 305 aa  42.4  0.01  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000184555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>