58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4043 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4043  carboxylate/amino acid/amine transporter  100 
 
 		 291 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.791434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4537  carboxylate/amino acid/amine transporter  97.94 
 
 		 291 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.778946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1354  carboxylate/amino acid/amine transporter  97.94 
 
 		 291 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.117278 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3830  carboxylate/amino acid/amine transporter  93.47 
 
 		 291 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1433  carboxylate/amino acid/amine transporter  82.29 
 
 		 293 aa  477  1e-134  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.720857  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4083  hypothetical protein  84.04 
 
 		 292 aa  454  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.114876  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3822  hypothetical protein  84.75 
 
 		 292 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0047105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19150  hypothetical protein  71.28 
 
 		 286 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.475633 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1652  hypothetical protein  71.99 
 
 		 286 aa  359  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1301  carboxylate/amino acid/amine transporter  71.43 
 
 		 290 aa  353  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1597  hypothetical protein  59.38 
 
 		 292 aa  321  9.000000000000001e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.483215  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0261  hypothetical protein  62.41 
 
 		 290 aa  311  1e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2726  hypothetical protein  52.88 
 
 		 286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.054013  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0339  hypothetical protein  59.93 
 
 		 292 aa  282  5.000000000000001e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.252118  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01531  putative MadN protein  48.78 
 
 		 287 aa  280  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.997992  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2439  MadN protein  52.16 
 
 		 295 aa  279  4e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1302  MadN protein  50.52 
 
 		 291 aa  276  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001947  putative acetate efflux pump MadN  48.61 
 
 		 292 aa  275  6e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00531  permease  47.57 
 
 		 292 aa  268  7e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1235  carboxylate/amino acid/amine transporter  47.77 
 
 		 291 aa  267  2e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3969  carboxylate/amino acid/amine transporter  47.78 
 
 		 299 aa  260  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2175  protein of unknown function DUF6 transmembrane  48.77 
 
 		 289 aa  260  2e-68  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000121987  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0240  carboxylate/amino acid/amine transporter  48.91 
 
 		 287 aa  257  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.214328 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4294  10 TMS Drug/Metabolite Exporter (DME) family  49.1 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4051  10 TMS drug/metabolite exporter (DME) family protein  49.1 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4349  10 TMS drug/metabolite exporter (DME) family protein  48.75 
 
 		 299 aa  255  7e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4181  carboxylate/amino acid/amine transporter  48.75 
 
 		 299 aa  255  7e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0864049 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1920  inner membrane protein  48.2 
 
 		 284 aa  255  7e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0119644  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4152  carboxylate/amino acid/amine transporter  48.75 
 
 		 299 aa  255  7e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03655  hypothetical protein  48.75 
 
 		 299 aa  254  8e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4194  10 TMS drug/metabolite exporter (DME) family protein  48.75 
 
 		 299 aa  254  8e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00209407 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03706  predicted inner membrane protein  48.75 
 
 		 299 aa  254  8e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0263  carboxylate/amino acid/amine transporter  48.55 
 
 		 299 aa  252  5.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3954  carboxylate/amino acid/amine transporter  48.55 
 
 		 299 aa  252  5.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3134  hypothetical protein  44.57 
 
 		 292 aa  247  1e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4358  carboxylate/amino acid/amine transporter  47.67 
 
 		 299 aa  247  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4075  carboxylate/amino acid/amine transporter  47.67 
 
 		 299 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.126831  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3936  carboxylate/amino acid/amine transporter  47.46 
 
 		 318 aa  242  6e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1236  hypothetical protein  48.48 
 
 		 265 aa  241  1e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.294327  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1276  hypothetical protein  47.48 
 
 		 288 aa  237  1e-61  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00521241  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0684  hypothetical protein  46.89 
 
 		 287 aa  235  7e-61  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0183  carboxylate/amino acid/amine transporter  50.19 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2636  hypothetical protein  37.76 
 
 		 286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0974  conserved hypothetical protein, MadN family (DUF6 domain protein)  37.77 
 
 		 292 aa  169  7e-41  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.634271  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1849  protein of unknown function DUF6 transmembrane  35.87 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3393  transporter, EamA family  25.45 
 
 		 294 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3198  protein of unknown function DUF6 transmembrane  24.78 
 
 		 307 aa  46.6  0.0005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0897  hypothetical protein  30.26 
 
 		 278 aa  46.6  0.0005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.631213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3379  transporter, EamA family  25 
 
 		 294 aa  45.8  0.0009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3174  EamA family protein  25.66 
 
 		 294 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3424  eama family protein  25.66 
 
 		 294 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3405  transporter, EamA family  25.2 
 
 		 294 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3580  hypothetical protein  28.16 
 
 		 294 aa  44.3  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122357  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3158  EamA family protein  25.66 
 
 		 294 aa  43.9  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4453  hypothetical protein  29.21 
 
 		 296 aa  43.9  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.309026 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3401  integral membrane protein  26.11 
 
 		 294 aa  43.9  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.531981  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3097  hypothetical protein  26.03 
 
 		 295 aa  43.1  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.27047  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1853  transporter, EamA family  25.22 
 
 		 294 aa  42.7  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>