43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1117 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1117  hypothetical protein  100 
 
 		 274 aa  551  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2970  hypothetical protein  53.38 
 
 		 276 aa  291  8e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1310  hypothetical protein  56.32 
 
 		 265 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.282848  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4110  hypothetical protein  52.86 
 
 		 274 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.2521  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3911  hypothetical protein  55.34 
 
 		 264 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4795  outer membrane insertion C-terminal signal  53.07 
 
 		 263 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.814191  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1819  hypothetical protein  37.84 
 
 		 302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5381  outer membrane insertion C-terminal signal  30.46 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0409917  normal  0.642403 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4835  porin  29.77 
 
 		 313 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.711425  normal  0.926362 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5303  porin  30.16 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.381713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3063  porin  28.72 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.612608  normal  0.0700115 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4340  porin  29.45 
 
 		 314 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.212684 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4552  porin  29.58 
 
 		 285 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.477499  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0692  outer-membrane protein Omp25  28.96 
 
 		 201 aa  63.5  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2469  porin  28.23 
 
 		 258 aa  59.3  0.00000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583463  decreased coverage  0.00325147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2146  porin  23.2 
 
 		 255 aa  57.4  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.368485 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2468  porin  25.6 
 
 		 248 aa  57.4  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.750857  normal  0.029017 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0132  porin  27.57 
 
 		 229 aa  56.6  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2467  porin  25.1 
 
 		 250 aa  57  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0722012 
 
 
-
 
NC_004310  BR0118  outer membrane protein, putative  25.52 
 
 		 230 aa  55.5  0.000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.350872  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0115  putative outer membrane protein  25.52 
 
 		 230 aa  55.5  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1214  omp25/ropB family outer membrane protein  23.9 
 
 		 300 aa  54.7  0.000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.09355e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1213  omp25/ropB family outer membrane protein  30.33 
 
 		 284 aa  54.3  0.000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000007665  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0701  outer-membrane protein Omp25  26.94 
 
 		 213 aa  54.3  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0188  outer membrane protein  26.55 
 
 		 453 aa  50.8  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0566764  normal  0.419379 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2587  porin  28.26 
 
 		 213 aa  50.1  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0239  putative outer membrane protein  26.55 
 
 		 452 aa  50.1  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3853  porin  26.3 
 
 		 240 aa  49.7  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5652  porin  26.52 
 
 		 207 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.303382  normal  0.313957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2342  porin  25.79 
 
 		 232 aa  48.1  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2341  porin  25.93 
 
 		 236 aa  47.4  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608955  normal  0.297853 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0133  porin  26.53 
 
 		 229 aa  47  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.679493  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2567  hypothetical protein  26.64 
 
 		 234 aa  46.2  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4377  putative outer-membrane protein  26.06 
 
 		 245 aa  46.2  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.222597  normal  0.062323 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0889  porin  30.89 
 
 		 254 aa  46.2  0.0006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.115506 
 
 
-
 
NC_004310  BR0119  outer membrane protein, putative  24.49 
 
 		 228 aa  46.2  0.0006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.109473  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0419  porin  28.06 
 
 		 225 aa  44.3  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.647021 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0116  putative outer membrane protein  31.71 
 
 		 228 aa  43.5  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2815  outer membrane insertion C-terminal signal  24.56 
 
 		 997 aa  43.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.71405  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4312  porin  24.29 
 
 		 228 aa  42.7  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1001  porin  27.98 
 
 		 288 aa  42.7  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.221202  normal  0.319403 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4615  outer membrane protein  25.7 
 
 		 449 aa  42.7  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0971  outer membrane protein, putative  26.11 
 
 		 236 aa  42  0.01  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>