88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_R0053 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.30391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0018  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0046  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 73 bp  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.979271  normal  0.882438 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0011  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.486376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0017  tRNA-Arg  93.85 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0009  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.000808777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0002  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0094  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0008  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0057  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.194543  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0028  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0030  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0010  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.410032  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0054  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0016  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101218  hitchhiker  0.00000369397 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14014  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0047  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070675  normal  0.199885 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27110  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0049  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0076  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32790  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0050  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.679099  normal  0.454728 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01275  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0058  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna130  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309146  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.465362  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0018  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0043  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.15231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0048  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.358997  normal  0.0149613 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0043  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.924826  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24430  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0257328  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0046  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.455447  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0042  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0010  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1462  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00149673  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000165448  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00117786  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0012  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251285  normal  0.0396852 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0026  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0022  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0005  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000297571  hitchhiker  0.000000952712 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0065  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_830  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0045  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0128095  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0077  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.437755 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0003  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 89 bp  46.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0043  tRNA-Gln  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.394082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0016  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000000601684  hitchhiker  0.000695383 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0061  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000000631723  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  82.67 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0018  tRNA-Arg  87.23 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000291564  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0048  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000000768741  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0032  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.178807 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0009  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.184283 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0053  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0010  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0011  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  6.87033e-26  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0045  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0014  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0177881  hitchhiker  0.00685945 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0022  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0027696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0009  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000649352 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0004  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0638149 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30640  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.587874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0009  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0024  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921626 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0047  tRNA-Trp  86.96 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0072652  decreased coverage  0.00838785 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0041  tRNA-Asn  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.210867  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0051  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.23821 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0061  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0002  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0069  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>