50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3780 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3780  hypothetical protein  100 
 
 		 269 aa  558  1e-158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2434  hypothetical protein  73.03 
 
 		 269 aa  410  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2627  hypothetical protein  69.84 
 
 		 271 aa  389  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1034  hypothetical protein  55.15 
 
 		 271 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.53712  normal  0.936486 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0805  hypothetical protein  55.93 
 
 		 270 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2281  hypothetical protein  60.57 
 
 		 271 aa  307  9e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.870849  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1670  hypothetical protein  59.76 
 
 		 271 aa  303  2.0000000000000002e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3420  hypothetical protein  55.42 
 
 		 291 aa  298  5e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1594  hypothetical protein  58.94 
 
 		 271 aa  298  9e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0731663  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3252  hypothetical protein  55.87 
 
 		 275 aa  295  4e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3126  hypothetical protein  52.63 
 
 		 273 aa  287  1e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3454  hypothetical protein  51.66 
 
 		 273 aa  286  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3256  hypothetical protein  52.63 
 
 		 270 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3130  hypothetical protein  48.87 
 
 		 271 aa  271  9e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0237199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0857  hypothetical protein  46.12 
 
 		 271 aa  228  9e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.798826  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4961  hypothetical protein  44.32 
 
 		 273 aa  223  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379362  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4256  hypothetical protein  44.61 
 
 		 272 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.430021  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1522  hypothetical protein  45.02 
 
 		 276 aa  214  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.56386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4372  hypothetical protein  41.91 
 
 		 272 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.692073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0855  hypothetical protein  45.57 
 
 		 280 aa  202  4e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.102489  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0853  hypothetical protein  44.73 
 
 		 277 aa  193  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00963426  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0432  hypothetical protein  40.93 
 
 		 284 aa  179  4e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2859  hypothetical protein  37.69 
 
 		 263 aa  179  4.999999999999999e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2863  hypothetical protein  42.33 
 
 		 265 aa  177  1e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3449  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  36.78 
 
 		 263 aa  176  4e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3453  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  35.74 
 
 		 259 aa  152  4e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2804  diheme cytochrome c  29.36 
 
 		 284 aa  76.6  0.0000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.244051 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4159  putative sulfur oxidation protein (SoxA); cytochrome c precursor  26.87 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1908  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  26.75 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000720789  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4153  diheme cytochrome c SoxA  29.28 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0514  hypothetical protein  27.31 
 
 		 268 aa  70.9  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000430045  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0263  diheme cytochrome SoxA  28.22 
 
 		 256 aa  70.5  0.00000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000154217  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0063  putative cytochrome c  27.83 
 
 		 261 aa  68.9  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1154  putative cytochrome c  24.91 
 
 		 261 aa  64.7  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.689886  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1906  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  23.28 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.556317  normal  0.0839186 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3714  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  23.28 
 
 		 294 aa  61.2  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.873772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0143  sulfur oxidation protein  35.48 
 
 		 286 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2761  putative diheme cytochrome C  26.69 
 
 		 258 aa  60.1  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3674  putative sulfur oxidation protein (SoxA)  23.95 
 
 		 274 aa  59.3  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.423535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3673  sulfur oxidation protein  30.33 
 
 		 286 aa  59.3  0.00000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3915  secreted protein-like protein  26.29 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.536069 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0564  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  28.64 
 
 		 281 aa  57.4  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000710636  normal  0.452243 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7671  putative diheme cytochrome c; sulfur oxidizing protein SoxA  27.08 
 
 		 258 aa  56.2  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0694  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  33.12 
 
 		 282 aa  56.2  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0918  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  26.67 
 
 		 278 aa  55.5  0.0000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.222213  normal  0.890143 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3046  hypothetical protein  27.43 
 
 		 296 aa  54.3  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0193  cytochrome c, class I  32.18 
 
 		 327 aa  47.4  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0313  diheme cytochrome SoxA (sulfur oxidation)  24.05 
 
 		 239 aa  45.8  0.0008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.450378  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0601  sulfur oxidation protein SoxA  23.12 
 
 		 276 aa  43.5  0.003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0517322  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1476  cytochrome c class I  33.33 
 
 		 317 aa  43.1  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.993128  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>