80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1403 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1403  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0045  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0957385  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0039  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0025  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.351803  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0024  tRNA-Gly  93.15 
 
 		 74 bp  105  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.2412  normal  0.247573 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0039  tRNA-Gly  93.06 
 
 		 74 bp  103  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0042  tRNA-Gly  93.06 
 
 		 74 bp  103  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000123323 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0044  tRNA-Gly  93.06 
 
 		 74 bp  103  5e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0741323  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  94.12 
 
 		 74 bp  103  5e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0058  tRNA-Gly  92.96 
 
 		 71 bp  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0051  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0025  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0957376  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11940  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09060  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0250104 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09840  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0598581  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0031  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.754836  normal  0.341264 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0043  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0030  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0031  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0035  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.072829  normal  0.169297 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0034  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.530843  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0045  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.223661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0047  tRNA-Gly  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0122655  normal  0.0125348 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0018  tRNA-Gly  87.69 
 
 		 71 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  hitchhiker  0.00399522  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14027  tRNA-Gly  85.92 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0031  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.577391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0029  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000116623  normal  0.0769122 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1215  tRNA-Gly  87.93 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0034  tRNA-Gly  87.93 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24410  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.437123  normal  0.656615 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0041  tRNA-Gly  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.771709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0014  tRNA-Gly  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.030133  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0034  tRNA-Gly  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0003  tRNA-Gly  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4566  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.778703  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0018  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.395535  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0017  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.292285 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0035  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0017  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00877648 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1214  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t22  tRNA-Gly  87.27 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.656712  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0046  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0924747  normal  0.0206503 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0057  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0060  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0406  tRNA-Gly  87.04 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00766095  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0085  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0843991  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0040    83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0028  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.721667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0025  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0052  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0161202 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0055  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.3002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0016  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.827613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0012  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0089  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.548412  normal  0.42362 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0016  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000070019  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0017  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.255177  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09150  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0613367 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA37  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0779293 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0022  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0038  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0021  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.292095 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0009  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1635  phosphopantetheinyl transferase  100 
 
 		 534 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.25448  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0078  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0007  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0035  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0578114  normal  0.382636 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0069  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.024134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0064  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0007  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0037  tRNA-Gly  83.82 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.374526 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0041  tRNA-Gly  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0063  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19030  tRNA-Gly  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0034  tRNA-Gly  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000457466  normal  0.978086 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0561  tRNA-Gly  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000476059  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35500  tRNA-Gly  82.43 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0033  tRNA-Gly  86 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.170039 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0065  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0002  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>