100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_R0029 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_R0029  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000116623  normal  0.0769122 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24410  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.437123  normal  0.656615 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0031  tRNA-Gly  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.577391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0017  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.162954  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAGlyVIMSS1309190  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.179054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAGlyVIMSS1309344  tRNA-Gly  90.14 
 
 		 71 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0009  tRNA-Gly  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000197964  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0042  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000123323 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0044  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0741323  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11940  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.872315 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0025  tRNA-Gly  88.73 
 
 		 71 bp  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0957376  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09060  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0250104 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09500  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0045  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.223661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0047  tRNA-Gly  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0122655  normal  0.0125348 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAGlyVIMSS1309148  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAGlyVIMSS1309123  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.658382  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAGlyVIMSS1309072  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0035  tRNA-Gly  87.32 
 
 		 71 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0045  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0957385  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0039  tRNA-Gly  86.76 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0039  tRNA-Gly  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0033  tRNA-Gly  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.170039 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0025  tRNA-Gly  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.351803  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0018  tRNA-Gly  91.49 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08660  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 71 bp  60  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000214078  hitchhiker  0.000527439 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0043  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000110087  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1403  tRNA-Gly  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0042  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0055  tRNA-Gly  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t06  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000883403  unclonable  0.000000195442 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0018  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0132435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0085  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000318176  normal  0.990431 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0015  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000649804  normal  0.0121052 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t06  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.490066  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R88  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000223228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA68  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000000111768  normal  0.639487 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4695  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.29308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna050  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000672543  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_rna007  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0107  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000460652  hitchhiker  0.00217641 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1180  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000995593  hitchhiker  0.000000000000787361 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4426  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  hitchhiker  0.0000476038 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0092  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000154336  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0698  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00121364  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0056  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4476  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000038079  hitchhiker  0.00000000000000785716 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4473  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000778472  hitchhiker  0.000364054 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4354  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000304012  normal  0.98071 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4386  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000113588  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4550  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000345033  hitchhiker  0.00000000000121992 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5443  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000114766  hitchhiker  0.00132893 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00076  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000423625  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0084  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0037  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5102  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000061566  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0005  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000491266  normal  0.390681 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0490  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.826084  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2721  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000223193  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly01  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14027  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0032  tRNA-Gly  86.44 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.598279  normal  0.0388525 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4719  tRNA-Gly  88.24 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.20782e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.881169  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  84.51 
 
 		 71 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0031  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0035  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.072829  normal  0.169297 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0086  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.795168  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0052  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000802106  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60030  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 71 bp  52  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0030  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4782  tRNA-Gly  85.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0143888  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0068  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.911099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0064  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0031  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.754836  normal  0.341264 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0034  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.530843  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0820  tRNA-Gly  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0945604  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0043  tRNA-Gly  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0024  tRNA-Gly  83.56 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.2412  normal  0.247573 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0070  tRNA-Gly  100 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0869039  normal  0.608865 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0057  tRNA-Gly  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0088  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0081  tRNA-Gly  88.64 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0459508  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26280  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.15189 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1112t  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3206t  tRNA-OTHER  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0593259  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0040  tRNA-Gly  86.54 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2053  tRNA-OTHER  91.67 
 
 		 68 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000041496  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00235  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02828  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06159  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06802  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5030  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.539673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5034  tRNA-Gly  91.67 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.616369  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0030  tRNA-Gly  84.75 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000875234  hitchhiker  0.000341426 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0007  tRNA-Gly  86.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000010318  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0058  tRNA-Gly  83.1 
 
 		 71 bp  46.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0056  tRNA-Gly  86 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268197  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0059  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 71 bp  44.1  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.000543343  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>