60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3473 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3473  DNA binding domain protein, excisionase family  100 
 
 		 88 aa  181  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3496  DNA binding domain protein, excisionase family  58 
 
 		 76 aa  62  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1678  hypothetical protein  43.66 
 
 		 81 aa  59.7  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0913  hypothetical protein  49.15 
 
 		 69 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0255062 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3111  hypothetical protein  49.12 
 
 		 62 aa  52  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1535  phage transcriptional regulator, AlpA  44.26 
 
 		 73 aa  51.6  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2619  hypothetical protein  45.71 
 
 		 93 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0235815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2785  hypothetical protein  43.75 
 
 		 66 aa  51.6  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407412 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3527  hypothetical protein  45.71 
 
 		 93 aa  51.2  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.585249  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2722  hypothetical protein  47.14 
 
 		 98 aa  51.2  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3025  hypothetical protein  47.14 
 
 		 108 aa  50.8  0.000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7734  hypothetical protein  49.06 
 
 		 69 aa  50.4  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1484  hypothetical protein  45.71 
 
 		 108 aa  50.4  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.144811 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1287  hypothetical protein  45.71 
 
 		 93 aa  50.4  0.000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1877  hypothetical protein  45.71 
 
 		 93 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1253  hypothetical protein  45.71 
 
 		 105 aa  50.1  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4165  hypothetical protein  43.24 
 
 		 100 aa  49.7  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2652  hypothetical protein  45.71 
 
 		 93 aa  50.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.233996  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5292  hypothetical protein  45.1 
 
 		 69 aa  48.9  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16860  hypothetical protein  47.06 
 
 		 74 aa  48.9  0.00002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.526145  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1262  hypothetical protein  46.03 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3222  hypothetical protein  45.45 
 
 		 67 aa  48.1  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.286264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2934  hypothetical protein  43.86 
 
 		 106 aa  47.8  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.903297  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2071  regulatory protein MerR  51.06 
 
 		 68 aa  47.4  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000949054  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1245  hypothetical protein  37.31 
 
 		 94 aa  47.4  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1284  hypothetical protein  37.29 
 
 		 66 aa  47  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0195028  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23900  MerR family regulatory protein  44 
 
 		 58 aa  46.6  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0883926  normal  0.115779 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1452  transcriptional regulator, MerR family  47.17 
 
 		 77 aa  46.6  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2328  hypothetical protein  44.44 
 
 		 91 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0685  hypothetical protein  42.11 
 
 		 91 aa  45.4  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1568  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 78 aa  45.4  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2021  DNA binding domain protein, excisionase family  47.06 
 
 		 77 aa  45.8  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2607  hypothetical protein  42.11 
 
 		 91 aa  45.4  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.879556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3732  hypothetical protein  42.86 
 
 		 94 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.923979  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1984  hypothetical protein  42.11 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.216874  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0794  phage transcriptional regulator, AlpA  33.82 
 
 		 80 aa  45.4  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1229  phage transcriptional regulator, AlpA  38.33 
 
 		 80 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.470338  normal  0.459813 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7051  hypothetical protein  43.14 
 
 		 81 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2980  hypothetical protein  49.02 
 
 		 76 aa  43.9  0.0008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.461059 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1960  hypothetical protein  42.55 
 
 		 69 aa  43.9  0.0008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0917  hypothetical protein  47.92 
 
 		 87 aa  43.9  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.378157  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0015  regulatory protein MerR  46 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2014  hypothetical protein  40.82 
 
 		 89 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1943  hypothetical protein  42.86 
 
 		 65 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.605997  normal  0.11028 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3583  hypothetical protein  43.14 
 
 		 95 aa  42.7  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.529666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35990  hypothetical protein  40.35 
 
 		 89 aa  42.4  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0393  hypothetical protein  45.1 
 
 		 73 aa  42.4  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.509195 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3016  putative transcriptional regulator  41.79 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2338  hypothetical protein  34.21 
 
 		 89 aa  42  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.440065  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3075  putative transcriptional regulator  41.67 
 
 		 93 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3521  DNA binding domain protein, excisionase family  44.9 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0914  hypothetical protein  31.51 
 
 		 86 aa  41.6  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0859  putative transcriptional regulator, MerR family  45.1 
 
 		 117 aa  41.2  0.004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3400  excisionase/Xis, DNA-binding  41.67 
 
 		 67 aa  41.2  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.149044  normal  0.941733 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1923  hypothetical protein  36.84 
 
 		 80 aa  41.2  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.422025  hitchhiker  0.00105597 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1723  hypothetical protein  45.83 
 
 		 80 aa  40.8  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1141  hypothetical protein  38.6 
 
 		 98 aa  40.8  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0561  DNA binding domain-containing protein  42.31 
 
 		 59 aa  40.4  0.008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0711  putative transcriptional regulator  35.21 
 
 		 93 aa  40.4  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.28021  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0603  excisionase/Xis, DNA-binding protein  42.59 
 
 		 58 aa  40.4  0.009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.517756  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>