More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2345 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_2345  DNA methylase N-4/N-6  100 
 
 
330 aa  664    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0319452  normal  0.212487 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2825  DNA methylase N-4/N-6  41.41 
 
 
373 aa  246  6e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3617  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  41.67 
 
 
296 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0379764  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3353  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  44.41 
 
 
314 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.665349 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0864  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40.14 
 
 
299 aa  215  9e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3152  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  36.72 
 
 
359 aa  212  7e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7332  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  37.9 
 
 
345 aa  210  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000215646  hitchhiker  0.0000000024237 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2524  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  36.61 
 
 
368 aa  207  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000139446  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1062  DNA binding domain protein, excisionase family  37.97 
 
 
365 aa  206  6e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00013023  unclonable  0.00000741257 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0646  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  36.86 
 
 
368 aa  203  3e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000621493  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2446  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  36.04 
 
 
379 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.370845  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1029  gp56  37.57 
 
 
378 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0905816  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4634  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  39.6 
 
 
352 aa  194  2e-48  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1434  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  36.34 
 
 
345 aa  192  8e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.927906  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1670  DNA methylase  37.32 
 
 
378 aa  192  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000519085  n/a   
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4235  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  43.08 
 
 
459 aa  182  5.0000000000000004e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6269  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  40.74 
 
 
333 aa  181  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0560  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  38.87 
 
 
323 aa  179  8e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2240  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.38 
 
 
356 aa  176  6e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0162757  hitchhiker  0.0000599239 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0833  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.11 
 
 
302 aa  171  2e-41  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1670  DNA methyltransferase  32.67 
 
 
380 aa  169  5e-41  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4183  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  30.51 
 
 
370 aa  163  3e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.712653  hitchhiker  0.00000333681 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2404  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  36.56 
 
 
305 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2670  DNA methylase N-4/N-6  38.78 
 
 
388 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000248914  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4169  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.06 
 
 
379 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0229  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.81 
 
 
399 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0324708 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0054  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.1 
 
 
416 aa  103  4e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.549481  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0073  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.97 
 
 
429 aa  100  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0675  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.82 
 
 
416 aa  99  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0041  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.42 
 
 
441 aa  97.8  2e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1099  DNA modification methylase-like  25.78 
 
 
413 aa  97.4  3e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000152418  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0571  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.49 
 
 
361 aa  97.1  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00032193 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0941  DNA methylase  25.74 
 
 
309 aa  96.3  6e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2305  DNA methylase N-4/N-6  28.04 
 
 
304 aa  96.3  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2333  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.29 
 
 
276 aa  95.5  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0137927 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0790  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.42 
 
 
293 aa  95.9  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4974  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  25.84 
 
 
597 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1246  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.76 
 
 
293 aa  93.6  4e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0940338  hitchhiker  0.00345461 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2196  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.89 
 
 
292 aa  90.1  5e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3838  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.08 
 
 
311 aa  90.1  5e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2398  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.39 
 
 
313 aa  89.7  6e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2010  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.97 
 
 
370 aa  89.7  6e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.393522  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2466  DNA methylase N-4/N-6  27.18 
 
 
311 aa  89.4  8e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.235465 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1518  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.42 
 
 
284 aa  89  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1812  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.08 
 
 
273 aa  87  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.500335  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1449  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.32 
 
 
360 aa  86.7  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.103238  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0375  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  25.45 
 
 
373 aa  86.7  5e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.984822  hitchhiker  0.00505908 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2300  DNA methylase N-4/N-6  26.52 
 
 
287 aa  86.3  6e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.599897  normal  0.437406 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3650  putative methyltransferase  25.33 
 
 
294 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000365024  hitchhiker  0.00241657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3577  putative methyltransferase  25.33 
 
 
294 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00742062  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3747  putative methyltransferase  25.33 
 
 
294 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00189132  normal  0.187537 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3684  putative methyltransferase  25.33 
 
 
294 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220289  normal  0.0704128 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3578  putative methyltransferase  25.33 
 
 
294 aa  85.9  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177776  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2136  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.43 
 
 
273 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.113526  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2525  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.99 
 
 
396 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000796245  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0286  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.71 
 
 
271 aa  84.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.684049  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1810  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.97 
 
 
329 aa  83.6  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.729703  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4621  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.8 
 
 
283 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0315645  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4367  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  25.66 
 
 
358 aa  82  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.721631 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1593  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.28 
 
 
308 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0446322  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2242  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.81 
 
 
329 aa  82.4  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.310751  hitchhiker  0.0000644694 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2124  DNA methylase N-4/N-6  26.12 
 
 
283 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.775437  normal  0.0115493 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3349  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.12 
 
 
283 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3854  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.12 
 
 
283 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1982  DNA-methyltransferase (DNA-modification methylase) protein  29.1 
 
 
270 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0159066 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1720  N-6 adenine-specific DNA methylase  26.12 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0768  DNA methylase  26.12 
 
 
258 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4576  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.06 
 
 
382 aa  80.5  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1650  N-6 adenine-specific DNA methylase  26.12 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1859  N-6 adenine-specific DNA methylase  26.12 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.229539  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2444  DNA modification methylase RsrI  26.12 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.462592  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2306  DNA modification methylase RsrI  26.12 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.436701  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0530  DNA modification methylase RsrI  26.12 
 
 
282 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0591  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.61 
 
 
308 aa  80.5  0.00000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000342774  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0605  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.61 
 
 
308 aa  80.5  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000183696  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0680  N-6 adenine-specific DNA methylase  26.03 
 
 
259 aa  80.5  0.00000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.846805  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3569  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.12 
 
 
283 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1084  cell cycle regulated site-specific DNA-methyltransferase protein  26.64 
 
 
377 aa  80.1  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4450  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.26 
 
 
283 aa  80.1  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4408  DNA methylase N-4/N-6  26.12 
 
 
283 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3959  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.12 
 
 
283 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135356  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4579  putative methyltransferase  24.67 
 
 
294 aa  79.3  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0026019  normal  0.14101 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1626  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.49 
 
 
284 aa  79.3  0.00000000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03120  predicted methyltransferase  24.67 
 
 
294 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.753742  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03071  hypothetical protein  24.67 
 
 
294 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0763  DNA adenine methylase CcrM  26.32 
 
 
372 aa  79  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0444  putative methyltransferase  24.67 
 
 
294 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0634628  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3455  putative methyltransferase  24.67 
 
 
294 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000495763  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0444  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  24.33 
 
 
294 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00573028  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3747  putative methyltransferase  24.67 
 
 
294 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000140856  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1840  DNA methylase N-4/N-6  25.62 
 
 
380 aa  77.4  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0373756  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1474  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.32 
 
 
368 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.180864  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0965  DNA methylase N-4/N-6  27.22 
 
 
379 aa  77  0.0000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3645  putative methyltransferase  24 
 
 
294 aa  76.3  0.0000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000318659  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3008  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  24.77 
 
 
370 aa  76.6  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.367581 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0066  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  24.84 
 
 
372 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.711822  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0024  adenine-specific methyltransferase  24.18 
 
 
368 aa  76.3  0.0000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.109862  normal  0.210092 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3557  putative methyltransferase  24.33 
 
 
294 aa  76.3  0.0000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00430538  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4375  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.62 
 
 
305 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2193  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.4 
 
 
359 aa  75.9  0.0000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>