162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2670 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2670  DNA methylase N-4/N-6  100 
 
 
388 aa  803    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000248914  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0571  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  51.23 
 
 
361 aa  348  1e-94  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00032193 
 
 
-
 
NC_013925  Nmag_4235  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.18 
 
 
459 aa  223  4e-57  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3617  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  39.73 
 
 
296 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0379764  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2345  DNA methylase N-4/N-6  38.78 
 
 
330 aa  153  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0319452  normal  0.212487 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4183  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.49 
 
 
370 aa  146  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.712653  hitchhiker  0.00000333681 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7332  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  34.02 
 
 
345 aa  141  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000215646  hitchhiker  0.0000000024237 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6269  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.71 
 
 
333 aa  138  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2240  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  32.85 
 
 
356 aa  136  5e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0162757  hitchhiker  0.0000599239 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4634  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.6 
 
 
352 aa  131  3e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1670  DNA methyltransferase  30.14 
 
 
380 aa  130  4.0000000000000003e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0864  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  35.5 
 
 
299 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4169  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.21 
 
 
379 aa  127  3e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2524  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.91 
 
 
368 aa  126  6e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0000139446  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0646  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  35.64 
 
 
368 aa  124  2e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000621493  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1434  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  32.76 
 
 
345 aa  123  4e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.927906  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1062  DNA binding domain protein, excisionase family  34.16 
 
 
365 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00013023  unclonable  0.00000741257 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2404  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.67 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2825  DNA methylase N-4/N-6  35.2 
 
 
373 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3353  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  43.31 
 
 
314 aa  115  8.999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.665349 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1029  gp56  27.09 
 
 
378 aa  97.1  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0905816  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1670  DNA methylase  26.82 
 
 
378 aa  96.7  6e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000519085  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0833  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.2 
 
 
302 aa  91.7  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2446  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.35 
 
 
379 aa  83.2  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.370845  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0560  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  26.72 
 
 
323 aa  82.8  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3838  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  31.61 
 
 
311 aa  80.9  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2398  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.31 
 
 
313 aa  79  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2300  DNA methylase N-4/N-6  31.44 
 
 
287 aa  78.2  0.0000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.599897  normal  0.437406 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3152  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.77 
 
 
359 aa  77.4  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0229  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  27.95 
 
 
399 aa  75.5  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0324708 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2525  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  32.87 
 
 
396 aa  74.7  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000796245  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0073  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.98 
 
 
429 aa  73.2  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0054  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.5 
 
 
416 aa  72.8  0.000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.549481  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0192  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  34.51 
 
 
446 aa  72.8  0.000000000009  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.151287  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0022  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  32.89 
 
 
412 aa  72  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0675  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.02 
 
 
416 aa  71.6  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1099  DNA modification methylase-like  27.94 
 
 
413 aa  70.1  0.00000000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000152418  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4621  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.85 
 
 
283 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0315645  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4375  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.86 
 
 
305 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1593  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  35.07 
 
 
308 aa  67  0.0000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0446322  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3349  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.36 
 
 
283 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.206831  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3854  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.36 
 
 
283 aa  67  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2124  DNA methylase N-4/N-6  28.36 
 
 
283 aa  67  0.0000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.775437  normal  0.0115493 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6841  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  28.5 
 
 
301 aa  66.2  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.463976 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1246  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  32.56 
 
 
293 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0940338  hitchhiker  0.00345461 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2880  putative modification methylase  27.49 
 
 
301 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.150564  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1518  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.61 
 
 
284 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4408  DNA methylase N-4/N-6  28.43 
 
 
283 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3959  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.43 
 
 
283 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.135356  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0790  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  31.78 
 
 
293 aa  64.3  0.000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2242  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.27 
 
 
329 aa  64.7  0.000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.310751  hitchhiker  0.0000644694 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3569  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  28.43 
 
 
283 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2196  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  30.71 
 
 
292 aa  63.9  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0680  N-6 adenine-specific DNA methylase  28.36 
 
 
259 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.846805  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0941  DNA methylase  27.27 
 
 
309 aa  63.5  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1720  N-6 adenine-specific DNA methylase  27.86 
 
 
282 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1650  N-6 adenine-specific DNA methylase  27.86 
 
 
282 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1859  N-6 adenine-specific DNA methylase  27.86 
 
 
282 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.229539  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2444  DNA modification methylase RsrI  27.86 
 
 
282 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.462592  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2306  DNA modification methylase RsrI  27.86 
 
 
282 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.436701  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0530  DNA modification methylase RsrI  27.86 
 
 
282 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.675032  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1767  DNA methylase  33.33 
 
 
352 aa  63.5  0.000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000189808  hitchhiker  0.00347478 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0768  DNA methylase  27.86 
 
 
258 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0041  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.24 
 
 
441 aa  63.2  0.000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2333  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  33.6 
 
 
276 aa  63.5  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0137927 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2250  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  38.38 
 
 
348 aa  62  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1810  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.47 
 
 
329 aa  62  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.729703  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1272  DNA methylase  37.37 
 
 
349 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.342929  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1848  DNA methylase  34.38 
 
 
352 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000193192  hitchhiker  0.0000000226376 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3151  DNA methylase  34.38 
 
 
352 aa  61.6  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000168176  hitchhiker  0.000000000119452 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1263  DNA methylase  32.56 
 
 
349 aa  61.2  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00126419  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1444  DNA methylase  32.56 
 
 
349 aa  61.2  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2150  DNA methylase  32.56 
 
 
349 aa  60.5  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000209549  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1440  DNA methylase  36.36 
 
 
348 aa  60.1  0.00000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.294057  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2196  DNA methylase  36.36 
 
 
391 aa  59.7  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000872225  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4974  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  29.84 
 
 
597 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2466  DNA methylase N-4/N-6  25.89 
 
 
311 aa  57.8  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.235465 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1840  DNA methylase N-4/N-6  27.48 
 
 
380 aa  55.8  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0373756  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3573  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  24.84 
 
 
306 aa  56.2  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.116756  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2136  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.15 
 
 
273 aa  55.1  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.113526  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1367  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.56 
 
 
360 aa  55.5  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1812  DNA methylase N-4/N-6 domain protein  26.15 
 
 
273 aa  55.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.500335  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3684  putative methyltransferase  25.5 
 
 
294 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220289  normal  0.0704128 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3650  putative methyltransferase  25.5 
 
 
294 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000365024  hitchhiker  0.00241657 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0627  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  32.46 
 
 
274 aa  54.7  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0066  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.01 
 
 
372 aa  54.7  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.711822  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3577  putative methyltransferase  25.5 
 
 
294 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00742062  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3578  putative methyltransferase  25.5 
 
 
294 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0177776  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3747  putative methyltransferase  25.5 
 
 
294 aa  54.7  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00189132  normal  0.187537 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1468  site-specific DNA-methyltransferase  27.08 
 
 
372 aa  53.9  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.661815  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0119  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  27.08 
 
 
372 aa  53.9  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.222875  normal  0.070794 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1982  DNA-methyltransferase (DNA-modification methylase) protein  25.64 
 
 
270 aa  52.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0159066 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0965  DNA methylase N-4/N-6  29.9 
 
 
379 aa  52.4  0.00001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2337  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  38.75 
 
 
334 aa  52.4  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.628508 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2305  DNA methylase N-4/N-6  26.5 
 
 
304 aa  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3210  DNA methylase N-4/N-6  26.74 
 
 
367 aa  51.6  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2101  DNA methylase N-4/N-6 domain-containing protein  29.01 
 
 
376 aa  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.528087 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0413  modification methylase CcrMI  28.72 
 
 
378 aa  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1809  DNA modification methylase-like protein  30.48 
 
 
273 aa  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3628  DNA methylase N-4/N-6  26.14 
 
 
599 aa  51.2  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>