49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_R0002 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_R0002  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0069  tRNA-His  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0063  tRNA-His  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0008  tRNA-His  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.400368  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0030  tRNA-His  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.142316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24880  tRNA-His  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.737137 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0051  tRNA-His  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000083549  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0039  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.639716  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0040  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.646222  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0021  tRNA-His  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695669 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0036  tRNA-His  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.435754 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0016  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.398986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0020  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.889352  normal  0.733975 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0082  tRNA-His  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0019  tRNA-His  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0563192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0012  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017213  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-His-1  tRNA-His  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00107575  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_831  tRNA-His  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000011255  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0027  tRNA-His  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0010  tRNA-His  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19680  tRNA-His  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13556  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0070  tRNA-His  86.3 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0203804  normal  0.914236 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08830  tRNA-His  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0406412  normal  0.0611739 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0045  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000301555  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  84 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0046  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000132851  normal  0.102838 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0055  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000633202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0023  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0036  tRNA-His  86.21 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0000713799  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0038  tRNA-His  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0026  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.223483  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0027  tRNA-His  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0005  tRNA-His  83.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112235  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>