113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6035 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_6035  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0015496  normal  0.392625 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0022  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.796952  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0793  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0047  tRNA-Val  97.22 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.496428  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t11  tRNA-Val  97.1 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.089356  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0012  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0013  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4591  tRNA-Val  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0026  tRNA-Val  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.583187  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0013  tRNA-Val  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0776  tRNA-Val  93.06 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.522118  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6031  tRNA-Val  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.54533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4337  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0027  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.532393  normal  0.247414 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0012  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.230814  normal  0.0269943 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0049  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0024  tRNA-Val  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0723361  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0013  tRNA-Val  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.459697  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0014  tRNA-Val  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0026  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0028  tRNA-Val  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1335  hypothetical protein  100 
 
 		 207 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1552  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000198123  normal  0.111595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0061  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599859  normal  0.0850662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0063  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000680631  normal  0.0845615 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0050  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717049  hitchhiker  0.0000186152 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0078  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0079  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000280112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.117051  hitchhiker  0.00489854 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02886  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.96324  normal  0.0580057 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.752155  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0037  tRNA-Val  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2476  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0037  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00204676  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0039  tRNA-Val  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00777868  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2123  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0039  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.654664  normal  0.302741 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0055  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1953  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3351  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0607256  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2318  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0283125  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2359  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1228  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1359  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0042  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.408267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0022  tRNA-Val  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.692684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0043  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.594698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0325  tRNA-Val  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.241533  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0046  tRNA-Val  87.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.56925  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  87.27 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309286  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0564631 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0024  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.409216  normal  0.339151 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0020  tRNA-Val  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0249185  hitchhiker  0.00249648 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0027  tRNA-Val  87.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.20425  decreased coverage  0.00178196 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0016  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0267125  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_R0060  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0023  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0696683  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0029  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000448285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0032  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.69442e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0024  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.746229  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.22367  normal  0.0175054 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0037  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.599971  normal  0.116724 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.353187  normal  0.0609648 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0506  tRNA-Val  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000210489  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0044  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1639  tRNA-Val  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.42917e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0023  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.756244  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0032  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0382858 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.342024  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0042  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034055 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0043  tRNA-Ala  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.734011 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>