97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_R0060 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_R0060  tRNA-Ile  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0028  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0840048 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0026  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000263702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1158  tRNA-Phe  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.256191  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0040  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.000028212  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0026  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00233079  normal  0.0590774 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0038  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000120227  normal  0.246953 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0025  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000570702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0020  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000221319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0023  tRNA-Val  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000109055  hitchhiker  0.00000350688 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0013  tRNA-Val  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.459697  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0002  tRNA-Val  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.18537  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0052  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.616527  hitchhiker  0.00092447 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00351824  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.101097  hitchhiker  0.004712 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0039  tRNA-Phe  84.75 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0066  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0398911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0065  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.132855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0073  tRNA-Phe  84.75 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.207428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0051  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000327476  normal  0.339785 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0036  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0019  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000618512  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0050  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00077941  normal  0.344918 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0049  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00162631  normal  0.347035 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6035  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.0015496  normal  0.392625 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0033  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.146569  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0012  tRNA-Val  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07725  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0033  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.228268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0050  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0044  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615289  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0012  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000114825  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0001  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0654082  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0049  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119188  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0031  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0036  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.279853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0033  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.972639 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2827  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0036  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.19079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0590805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0036  tRNA-Val  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.457558 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2882  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0039  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00658177  decreased coverage  0.00000286482 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0023  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.881928  decreased coverage  0.000601016 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0027  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00584836  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0045  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960605  normal  0.982559 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0044  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.013329  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0043  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00341468  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0040  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00614875  decreased coverage  0.00000263085 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2881  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0068  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00512241  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1335  hypothetical protein  93.33 
 
 		 207 bp  44.1  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Met-1  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0495998  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0046  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.100607 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1777  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00314954  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2826  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2767  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0513521  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2766  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0786611  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2826  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0217259  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0056  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.666652  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2454  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880044  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.395068  normal  0.100997 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0034  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205379  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0033  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000566615  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0036  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000574217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000173498  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0021  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.168076  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0020  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0019  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>