More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3612 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4087  Beta-ketoacyl synthase  97.09 
 
 
412 aa  746    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.519771  normal  0.894372 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3612  beta-ketoacyl synthase  100 
 
 
412 aa  818    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0941  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  73.35 
 
 
413 aa  596  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0450403  normal  0.675739 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3050  Beta-ketoacyl synthase  72.86 
 
 
413 aa  593  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.249088  normal  0.243169 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0704  Beta-ketoacyl synthase  71.86 
 
 
408 aa  568  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.846868 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4775  Beta-ketoacyl synthase  66.34 
 
 
432 aa  523  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.774629  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3698  Beta-ketoacyl synthase  66.34 
 
 
432 aa  523  1e-147  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.551218 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0357  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  64.59 
 
 
404 aa  514  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.707111 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0456  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  52.49 
 
 
405 aa  395  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2879  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase I  50.99 
 
 
406 aa  392  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0542  Beta-ketoacyl synthase  50.87 
 
 
407 aa  394  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0526  beta-ketoacyl synthase  50.87 
 
 
407 aa  394  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.38393  normal  0.0451543 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0453  Beta-ketoacyl synthase  52.9 
 
 
402 aa  392  1e-108  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4180  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  51.61 
 
 
408 aa  392  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.38459  normal  0.310859 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1274  Beta-ketoacyl synthase  50.87 
 
 
407 aa  390  1e-107  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0998  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  49.38 
 
 
405 aa  385  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000357653  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2160  beta-ketoacyl synthase  51.62 
 
 
410 aa  385  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3665  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  49.38 
 
 
405 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29060  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  50.37 
 
 
405 aa  377  1e-103  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1606  Beta-ketoacyl synthase  48.38 
 
 
424 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000886766  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3635  Beta-ketoacyl synthase  50.25 
 
 
408 aa  377  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000487969 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3008  Beta-ketoacyl synthase  48.63 
 
 
403 aa  376  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.753979 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03137  beta-ketoacyl- synthase I  51.41 
 
 
394 aa  376  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2154  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase I  47.38 
 
 
403 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000914217  normal  0.99764 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1644  beta-ketoacyl synthase  49.38 
 
 
403 aa  378  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00348297  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0018  beta-ketoacyl synthase  50.12 
 
 
405 aa  373  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.83399  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2410  beta-ketoacyl synthase  47.63 
 
 
403 aa  373  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000023213  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1422  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  46.45 
 
 
411 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000484901  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1487  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  46.45 
 
 
411 aa  373  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000399057  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1693  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase I  46.77 
 
 
403 aa  372  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000193384  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1391  beta-ketoacyl synthase  48.13 
 
 
412 aa  374  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43690  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  49.13 
 
 
405 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1475  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  46.21 
 
 
411 aa  372  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000896879  normal  0.430163 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2210  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase I  48.51 
 
 
407 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.349846  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4213  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  49.13 
 
 
406 aa  369  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.409355  normal  0.126132 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3498  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  48.39 
 
 
406 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.721273 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1945  Beta-ketoacyl synthase  48.64 
 
 
406 aa  370  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153136  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1482  beta-ketoacyl synthase  47.38 
 
 
403 aa  368  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000201654  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1373  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  48.27 
 
 
405 aa  369  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2470  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  48.39 
 
 
406 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1693  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  48.39 
 
 
406 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.374735  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3807  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase I  47.63 
 
 
403 aa  365  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.114725  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1613  Beta-ketoacyl synthase  45.72 
 
 
411 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000687421  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3072  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase I  46.63 
 
 
403 aa  368  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2019  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  48.51 
 
 
407 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.383938  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2746  beta-ketoacyl synthase  45.72 
 
 
411 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2445  beta-ketoacyl synthase  45.72 
 
 
411 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000400584  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3746  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  47.89 
 
 
406 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4242  Beta-ketoacyl synthase  47.88 
 
 
404 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0417554  hitchhiker  0.0000000109477 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0221  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  50.37 
 
 
408 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.188438 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2840  Beta-ketoacyl synthase  45.72 
 
 
411 aa  366  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000436075  decreased coverage  0.0000909271 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2684  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  50.37 
 
 
408 aa  367  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376136  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4175  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  47.89 
 
 
406 aa  365  1e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.40794  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1071  3-ketoacyl-ACP synthase FabB  46.02 
 
 
403 aa  363  3e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.791562  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03105  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  46.13 
 
 
403 aa  363  3e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0612  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  49.88 
 
 
408 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002870  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase KASI  46.42 
 
 
403 aa  361  1e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000108179  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1009  beta-ketoacyl synthase  47.16 
 
 
409 aa  360  2e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1650  beta-ketoacyl synthase  49.39 
 
 
409 aa  360  2e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.751086  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2763  Beta-ketoacyl synthase  45.48 
 
 
411 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000380167  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0458  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  49.63 
 
 
408 aa  360  3e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.930732  normal  0.310522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2228  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  49.13 
 
 
408 aa  359  4e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413465  normal  0.11718 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0425  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  49.63 
 
 
408 aa  359  4e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.180317  normal  0.854299 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0033  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  48.75 
 
 
407 aa  358  6e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.251617 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0495  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  49.13 
 
 
408 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0230579  normal  0.158439 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0041  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  48.25 
 
 
407 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0383  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  49.63 
 
 
408 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0430  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  49.13 
 
 
408 aa  354  2e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1777  Beta-ketoacyl synthase  47.17 
 
 
412 aa  354  2e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.290633  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0348  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  48.13 
 
 
408 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4379  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  48.04 
 
 
410 aa  351  1e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.913826 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3938  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  48.51 
 
 
406 aa  350  2e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4057  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  48.17 
 
 
410 aa  349  5e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0053  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  48.25 
 
 
407 aa  348  8e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.387678 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1893  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  48.36 
 
 
407 aa  347  2e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0740  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  47.41 
 
 
407 aa  347  2e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0068  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  47.72 
 
 
399 aa  346  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.707372 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  45.5 
 
 
404 aa  347  3e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0180  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  47.65 
 
 
407 aa  346  4e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3383  beta-ketoacyl synthase  46.9 
 
 
404 aa  346  4e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.160836  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2172  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  46.91 
 
 
407 aa  345  7e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2084  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  46.91 
 
 
407 aa  345  7e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0332  Beta-ketoacyl synthase  48.25 
 
 
407 aa  343  2.9999999999999997e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.221453  normal  0.207835 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2871  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  47.26 
 
 
405 aa  342  5e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.261855  normal  0.0659143 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2205  Beta-ketoacyl synthase  48.5 
 
 
407 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3148  beta-ketoacyl synthase  45.98 
 
 
403 aa  342  9e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.276652  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3449  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  47.77 
 
 
406 aa  341  1e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3914  beta-ketoacyl synthase  48.52 
 
 
409 aa  341  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3177  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  48.52 
 
 
409 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0983  Beta-ketoacyl synthase  47.15 
 
 
405 aa  340  2.9999999999999998e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.521852  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1899  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I  45.7 
 
 
411 aa  339  4e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.126696 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3935  hypothetical protein  47.54 
 
 
409 aa  338  8e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0408211  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1995  beta-ketoacyl synthase  45.48 
 
 
404 aa  338  8e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.566366  normal  0.512838 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0665  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  45.54 
 
 
406 aa  338  9.999999999999999e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.956825  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2805  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  47.76 
 
 
405 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.858118  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1459  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  47.26 
 
 
405 aa  335  5.999999999999999e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0426777  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2585  Beta-ketoacyl synthase  45.52 
 
 
405 aa  334  1e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01194  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) synthase  44.28 
 
 
404 aa  334  1e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.157205  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2474  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  47.15 
 
 
406 aa  334  1e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1329  3-oxoacyl-(acyl carrier protein) synthase I  47.15 
 
 
406 aa  334  1e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.318375  normal  0.654586 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>