267 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0416 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0416  ribosomal protein L30  100 
 
 		 63 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20690  LSU ribosomal protein L30P  63.64 
 
 		 60 aa  74.3  0.0000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4489  ribosomal protein L30  58.93 
 
 		 60 aa  69.3  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29560  LSU ribosomal protein L30P  60.66 
 
 		 60 aa  67.8  0.00000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.349049  normal  0.73381 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0605  ribosomal protein L30  55.36 
 
 		 60 aa  67  0.00000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.243208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0645  ribosomal protein L30  57.63 
 
 		 60 aa  64.7  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0580  50S ribosomal protein L30  61.02 
 
 		 65 aa  64.3  0.0000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.868195  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2641  ribosomal protein L30  59.02 
 
 		 60 aa  63.9  0.0000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3649  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 60 aa  63.2  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000866459  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2137  50S ribosomal protein L30P  57.63 
 
 		 61 aa  61.6  0.000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0274633  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1007  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 62 aa  62  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00128687  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3125  50S ribosomal protein L30  50 
 
 		 62 aa  61.2  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3905  50S ribosomal protein L30  55.74 
 
 		 60 aa  60.5  0.000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0899974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23290  LSU ribosomal protein L30P  51.72 
 
 		 64 aa  59.7  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0884067  hitchhiker  0.00000565029 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0706  ribosomal protein L30  50.85 
 
 		 60 aa  60.1  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.214746 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2984  ribosomal protein L30  50 
 
 		 61 aa  59.3  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.368791  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1203  50S ribosomal protein L30  52.63 
 
 		 60 aa  59.3  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0386344 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0078  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 60 aa  58.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0903493  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5142  ribosomal protein L30  51.79 
 
 		 61 aa  59.3  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.632245 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2160  ribosomal protein L30  50.88 
 
 		 63 aa  59.3  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0544492  normal  0.73473 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4297  50S ribosomal protein L30  55.74 
 
 		 60 aa  59.3  0.00000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23620  LSU ribosomal protein L30P  51.79 
 
 		 59 aa  58.5  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.844957  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0231  50S ribosomal protein L30  44.07 
 
 		 59 aa  58.5  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000564159  unclonable  0.00000731174 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09820  LSU ribosomal protein L30P  50.88 
 
 		 63 aa  58.2  0.00000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0340252  hitchhiker  0.0000167701 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0600  50S ribosomal protein L30  50.85 
 
 		 61 aa  57.8  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0949  50S ribosomal protein L30  54.24 
 
 		 60 aa  57.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.235553  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0619  ribosomal protein L30  40.68 
 
 		 61 aa  57  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.191878  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3425  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 60 aa  57  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2628  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 		 61 aa  57  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.115062  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0212  50S ribosomal protein L30  44.83 
 
 		 60 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  hitchhiker  0.00666763 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1777  50S ribosomal protein L30P  48.28 
 
 		 61 aa  56.2  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0189891  normal  0.14653 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0324  50S ribosomal protein L30P  56.14 
 
 		 60 aa  56.6  0.0000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00151243 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0423  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  56.2  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0858998  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0341  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00191247  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0217  50S ribosomal protein L30  43.1 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000105847  unclonable  0.0000000000126926 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0217  50S ribosomal protein L30  43.1 
 
 		 60 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000799433  hitchhiker  0.000000000956055 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3983  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  55.5  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234859  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03153  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00272403  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0411  ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000158772  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1143  ribosomal protein L30  47.54 
 
 		 61 aa  55.1  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000025708  normal  0.0109898 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03104  hypothetical protein  49.15 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00160317  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3785  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000084288  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3597  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0159663  normal  0.022282 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3496  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000235964  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0188  50S ribosomal protein L30  44.64 
 
 		 60 aa  55.5  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000158011  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04160  LSU ribosomal protein L30P  50 
 
 		 60 aa  55.1  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4625  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000160254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3687  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000288891  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0411  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000870321  hitchhiker  0.00000243699 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3887  50S ribosomal protein L30  51.72 
 
 		 60 aa  55.5  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6031  50S ribosomal protein L30  51.79 
 
 		 61 aa  54.7  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0166  50S ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 62 aa  54.7  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000187774  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3320  50S ribosomal protein L30  43.4 
 
 		 60 aa  54.7  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00901204  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0860  ribosomal protein L30  52.54 
 
 		 66 aa  54.7  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6596  ribosomal protein L30  46.43 
 
 		 61 aa  54.7  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3741  50S ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000000717278  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0249  50S ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0218  50S ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000314653  hitchhiker  0.0000935583 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00956  50S ribosomal protein L30  44.64 
 
 		 59 aa  54.3  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0648954  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0951  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  54.7  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0200139  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4152  50S ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000726837  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0214  50S ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000115518  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4038  50S ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000117775  unclonable  0.00000000000200607 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3310  50S ribosomal protein L30  49.15 
 
 		 59 aa  54.7  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000129618 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0176  ribosomal protein L30  41.38 
 
 		 60 aa  54.3  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000191615  hitchhiker  0.000355415 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3618  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0118319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3726  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.990578  normal  0.0950772 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3789  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.143721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3618  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00151537  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3691  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  54.3  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0510411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4303  ribosomal protein L30  50.85 
 
 		 60 aa  53.9  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001724  LSU ribosomal protein L30p (L7e)  43.64 
 
 		 58 aa  53.5  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000860316  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3804  ribosomal protein L30  45.76 
 
 		 61 aa  53.5  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00029637  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0346  ribosomal protein L30  41.67 
 
 		 60 aa  53.5  0.0000009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0149627  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2839  50S ribosomal protein L30  42.37 
 
 		 59 aa  53.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.108367  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0097  50S ribosomal protein L30  49.09 
 
 		 56 aa  52.8  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.108985 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3987  ribosomal protein L30  44.26 
 
 		 61 aa  52.8  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0158731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00748  50S ribosomal protein L30  41.82 
 
 		 58 aa  53.1  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0733  ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 62 aa  53.1  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3733  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 59 aa  53.5  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000176157  hitchhiker  0.00372314 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4526  50S ribosomal protein L30  42.37 
 
 		 59 aa  53.1  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000879323  hitchhiker  0.000148464 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2156  50S ribosomal protein L30  41.82 
 
 		 58 aa  53.1  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000499402  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0071  50S ribosomal protein L30  46.3 
 
 		 62 aa  52.8  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.230621  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0737  50S ribosomal protein L30  40.68 
 
 		 62 aa  52.8  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000491198  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1372  50S ribosomal protein L30  46.3 
 
 		 64 aa  52.4  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.63602  normal  0.121983 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0076  50S ribosomal protein L30  44.64 
 
 		 59 aa  52  0.000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.663543  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2047  ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000587812  hitchhiker  0.00892932 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0301  50S ribosomal protein L30  42.37 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000735954  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2889  ribosomal protein L30  43.64 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3896  50S ribosomal protein L30  42.37 
 
 		 59 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000209135  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0399  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 		 60 aa  52.4  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.894889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3931  50S ribosomal protein L30  41.82 
 
 		 60 aa  52.8  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2239  50S ribosomal protein L30  47.27 
 
 		 56 aa  52  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.108053  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1563  50S ribosomal protein L30  47.46 
 
 		 64 aa  52  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.17266  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2046  50S ribosomal protein L30  42.11 
 
 		 62 aa  51.6  0.000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00780916  normal  0.406407 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2315  ribosomal protein L30  35.59 
 
 		 60 aa  52  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0059609  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0391  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 		 60 aa  52  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000847959  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0619  50S ribosomal protein L30  43.64 
 
 		 60 aa  52  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.268532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0719  ribosomal protein L30  40.68 
 
 		 59 aa  51.6  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.545555  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0125  50S ribosomal protein L30  45.16 
 
 		 62 aa  51.6  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>