128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_R0029 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_R0029  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.499357  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0022  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.243573 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0023  tRNA-His  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0037  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0017  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.547674  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt23  tRNA-His  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt23  tRNA-His  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0036  tRNA-His  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.435754 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0049  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0476  tRNA-His  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000249939  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0036  tRNA-His  92.31 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0000713799  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0009  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000796355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  90.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0010  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0197476  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  90.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0045  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000886239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  90.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  90.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  90.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0043  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  88.52 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0031  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.110358 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0014  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808445  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-His-1  tRNA-His  92.31 
 
 		 72 bp  54  0.000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000011209  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  85.92 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000143676 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0060  tRNA-His  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0054  tRNA-His  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  88 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0002  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.14234  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0020  tRNA-His  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.889352  normal  0.733975 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2558  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000105992  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2560  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615036  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0022  tRNA-His  88 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0019  tRNA-His  88 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0563192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  88.89 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  88.89 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0019  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0034  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.371143  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382457  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0046  tRNA-His  87.76 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216845  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0032  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000809268 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0035  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000926277 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-His-1  tRNA-His  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS02876  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0313769  normal  0.542312 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t026  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t099  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0030  tRNA-Gly  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.218808 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0020  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000738141  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0085  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240103  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0021  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000629735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0115  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000444508  normal  0.0132879 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0115  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000103194  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0136  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000000985784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0019  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.301906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0085  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000420943  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0021  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00392038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0112  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000282154  normal  0.565936 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0048  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000353919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0125  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000634368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0029  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000338332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0124  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0169657  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0028  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000239191  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0118  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0040  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000863654  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0132  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  85.29 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0050  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0143  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0386713  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0018  tRNA-His  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338609  normal  0.373467 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t002  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t095  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000636762  normal  0.0906455 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0082  tRNA-His  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0008  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.958243  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0022  tRNA-His  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0034  tRNA-His  83.1 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0023  tRNA-His  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00261193  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0043  tRNA-His  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0039  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0037  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.434121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  84.13 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0022  tRNA-His  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>