189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_R0037 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0017  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.547674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0037  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0031  tRNA-His  98.11 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.110358 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0018  tRNA-His  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338609  normal  0.373467 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0022  tRNA-His  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0047  tRNA-His  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0095  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0119  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0557096  normal  0.380201 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2767  tRNA-His  95 
 
 		 78 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.2257  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0054  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t002  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS02876  tRNA-His  96.23 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0313769  normal  0.542312 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t026  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t099  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0143  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0386713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0020  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000738141  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0085  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240103  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0021  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000629735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0115  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000444508  normal  0.0132879 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0115  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000103194  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0136  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000000985784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0019  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.301906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0085  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000420943  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0050  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0021  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00392038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0112  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000282154  normal  0.565936 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0048  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000353919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0125  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000634368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0029  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000338332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0124  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0169657  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0028  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000239191  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0118  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t095  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000636762  normal  0.0906455 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0040  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000863654  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0132  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0011  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000750862  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-His-1  tRNA-His  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  92.06 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0034  tRNA-His  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0026  tRNA-His  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00252757  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0015  tRNA-His  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0142  tRNA-His  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788034  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0014  tRNA-His  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808445  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0101  tRNA-His  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000839897  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0016  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0022  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.243573 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2558  tRNA-His  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000105992  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2560  tRNA-His  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615036  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0029  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.499357  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0019  tRNA-His  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.322851  normal  0.248393 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0049  tRNA-His  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0040  tRNA-His  90.32 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0046  tRNA-His  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0024  tRNA-His  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0036  tRNA-His  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0370477  normal  0.249392 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0035  tRNA-His  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0762203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0045  tRNA-His  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0024  tRNA-His  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.961461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0020  tRNA-His  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0023  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt23  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt23  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  92.16 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0683  tRNA-His  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.684611  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0015  tRNA-His  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000558308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0087  tRNA-His  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0004  tRNA-His  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.60167 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0008  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.958243  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3788  tRNA-His  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4649  tRNA-His  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.241852  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-His-3  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0016  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1995  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180123  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2495  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.374126  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tHis01  tRNA-His  91.84 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000397081  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna021  tRNA-His  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000113486  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1715  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.161636  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna019  tRNA-His  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000572511  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0048  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0372  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381541  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1828  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1842  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0661069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0789  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.530119  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0039  tRNA-His  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000465225  normal  0.429599 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0036  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0128871  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0033  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.704433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0037  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0609753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0032  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0033  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.628248 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0028  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.392784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14029  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205987 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0009  tRNA-His  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1180  tRNA-His  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0486597  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0055  tRNA-His  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0055  tRNA-His  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.337308 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0047  tRNA-His  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0247506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>