76 Unclonable genes were found for selected organism/s



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Locus tag

Gene type

Replicon accession

From

To

Strand

Gene Length

Product

Protein accession

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Organism name

Kingdom

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
Ppro_0175  CDS  NC_008609  179738  180544  807  DNA/RNA non-specific endonuclease  YP_899869  unclonable  3.79253e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_0441  CDS  NC_008609  462505  463758  1254  OmpA/MotB domain-containing protein  YP_900132  unclonable  7.26931e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_0516  CDS  NC_008609  542371  544392  2022  TPR repeat-containing protein  YP_900205  unclonable  7.76603e-07  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_0521  CDS  NC_008609  552505  553899  1395  LamB porin family protein, putative  YP_900210  unclonable  1.74972e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_0523  CDS  NC_008609  554932  556587  1656  methylmalonyl-CoA mutase, large subunit  YP_900212  unclonable  1.13835e-07  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_0524  CDS  NC_008609  556899  557462  564  XRE family transcriptional regulator  YP_900213  unclonable  8.27128e-11  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_0525  CDS  NC_008609  557699  558985  1287  hypothetical protein  YP_900214  unclonable  8.37043e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_0526  CDS  NC_008609  559194  560552  1359  transposase, IS4 family protein  YP_900215  unclonable  1.80348e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_0733  CDS  NC_008609  771322  772023  702  hypothetical protein  YP_900422  unclonable  3.36107e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_0734  CDS  NC_008609  772422  773594  1173  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  YP_900423  unclonable  8.12093e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_0735  CDS  NC_008609  773764  774858  1095  phosphoserine aminotransferase  YP_900424  unclonable  1.98961e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_0861  CDS  NC_008609  903800  905158  1359  transposase, IS4 family protein  YP_900548  unclonable  1.91702e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_0896  CDS  NC_008609  942843  944201  1359  transposase, IS4 family protein  YP_900583  unclonable  1.20479e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1099  CDS  NC_008609  1145450  1146811  1362  signal recognition particle protein  YP_900782  unclonable  9.44997e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1107  CDS  NC_008609  1151436  1152794  1359  transposase, IS4 family protein  YP_900790  unclonable  1.02477e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1128  CDS  NC_008609  1169600  1170958  1359  transposase, IS4 family protein  YP_900810  unclonable  1.55023e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1167  CDS  NC_008609  1217853  1219199  1347  cytochrome bd ubiquinol oxidase, subunit I  YP_900848  unclonable  1.18063e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1168  CDS  NC_008609  1219357  1219761  405  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  YP_900849  unclonable  3.9809e-11  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1169  CDS  NC_008609  1219934  1221598  1665  peptidoglycan-binding LysM  YP_900850  unclonable  8.24633e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1221  CDS  NC_008609  1275079  1276713  1635  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  YP_900900  unclonable  1.43655e-07  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1328  CDS  NC_008609  1403688  1404545  858  putative orphan protein  YP_901006  unclonable  9.65444e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1480  CDS  NC_008609  1584062  1585420  1359  transposase, IS4 family protein  YP_901154  unclonable  2.16314e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1541  CDS  NC_008609  1643912  1645909  1998  TonB-dependent receptor  YP_901214  unclonable  8.85863e-07  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1649  CDS  NC_008609  1768702  1770060  1359  transposase, IS4 family protein  YP_901321  unclonable  3.2724e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1934  CDS  NC_008609  2083392  2084366  975  bile acid:sodium symporter  YP_901601  unclonable  3.70816e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1973  CDS  NC_008609  2117476  2118051  576  iron-sulfur cluster-binding protein  YP_901639  unclonable  5.37641e-11  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_1995  CDS  NC_008609  2141706  2143025  1320  diaminopimelate decarboxylase  YP_901661  unclonable  2.81435e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2196  CDS  NC_008609  2367216  2367692  477  hypothetical protein  YP_901861  unclonable  6.18592e-11  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2252  CDS  NC_008609  2431668  2433533  1866  ATP-dependent metalloprotease FtsH  YP_901917  unclonable  3.90574e-07  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2262  CDS  NC_008609  2441380  2442594  1215  aspartate kinase  YP_901927  unclonable  1.47386e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2263  CDS  NC_008609  2442680  2443321  642  hypothetical protein  YP_901928  unclonable  4.59083e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2327  CDS  NC_008609  2512327  2513280  954  malate dehydrogenase  YP_901992  unclonable  2.13554e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2328  CDS  NC_008609  2513642  2514346  705  peptidoglycan-binding LysM  YP_901993  unclonable  3.46433e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2488  CDS  NC_008609  2695283  2695990  708  carbonic anhydrase  YP_902151  unclonable  3.57075e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2491  CDS  NC_008609  2699207  2699710  504  MucR family transcriptional regulator  YP_902154  unclonable  2.03493e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2560  CDS  NC_008609  2773871  2775592  1722  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  YP_902222  unclonable  2.71615e-07  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2580  CDS  NC_008609  2796154  2797512  1359  transposase, IS4 family protein  YP_902242  unclonable  2.2544e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2649  CDS  NC_008609  2876913  2877650  738  FAD-dependent thymidylate synthase  YP_902311  unclonable  3.29367e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2650  CDS  NC_008609  2877733  2877933  201  50S ribosomal protein L31  YP_902312  unclonable  1.89789e-11  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2651  CDS  NC_008609  2878038  2879285  1248  transcription termination factor Rho  YP_902313  unclonable  1.11099e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2656  CDS  NC_008609  2890021  2891727  1707  TPR repeat-containing protein  YP_902317  unclonable  1.62187e-07  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2730  CDS  NC_008609  2986962  2987531  570  peptidylprolyl isomerase  YP_902388  unclonable  6.77022e-11  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2731  CDS  NC_008609  2987603  2988340  738  competence protein F, putative  YP_902389  unclonable  2.43751e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2733  CDS  NC_008609  2989042  2992536  3495  SNF2-related protein  YP_902391  unclonable  0.000591247  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2734  CDS  NC_008609  2992707  2992985  279  hypothetical protein  YP_902392  unclonable  2.4868e-11  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2735  CDS  NC_008609  2993002  2994948  1947  L-lactate transport  YP_902393  unclonable  8.95009e-07  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2803  CDS  NC_008609  3069338  3069625  288  co-chaperonin GroES  YP_902460  unclonable  1.32343e-11  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2957  CDS  NC_008609  3228586  3229257  672  two component transcriptional regulator  YP_902612  unclonable  4.06961e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2958  CDS  NC_008609  3229254  3230096  843  hypothetical protein  YP_902613  unclonable  8.6443e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2959  CDS  NC_008609  3230242  3231171  930  ribosomal protein L11 methyltransferase  YP_902614  unclonable  1.48567e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2963  CDS  NC_008609  3234505  3235434  930  tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase  YP_902618  unclonable  2.91973e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_2987  CDS  NC_008609  3256555  3257703  1149  Na+/H+ antiporter NhaA  YP_902642  unclonable  2.24561e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3086  CDS  NC_008609  3375681  3376109  429  50S ribosomal protein L13  YP_902739  unclonable  4.35691e-11  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3095  CDS  NC_008609  3384764  3385201  438  TraR/DksA family transcriptional regulator  YP_902748  unclonable  3.35768e-11  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3115  CDS  NC_008609  3417935  3418753  819  hypothetical protein  YP_902766  unclonable  7.43254e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3228  CDS  NC_008609  3545803  3547161  1359  transposase, IS4 family protein  YP_902879  unclonable  2.23138e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3243  CDS  NC_008609  3562887  3563735  849  peptidase M48, Ste24p  YP_902894  unclonable  8.73344e-10  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3252  CDS  NC_008609  3573251  3574630  1380  hypothetical protein  YP_902903  unclonable  2.70257e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3284  CDS  NC_008609  3619394  3620632  1239  cell division protein FtsA  YP_902934  unclonable  3.82408e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3479  CDS  NC_008609  3841182  3842540  1359  transposase, IS4 family protein  YP_903129  unclonable  1.73185e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3501  CDS  NC_008609  3870144  3871172  1029  putative lipoprotein  YP_903151  unclonable  1.61066e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3504  CDS  NC_008609  3873701  3875059  1359  transposase, IS4 family protein  YP_903154  unclonable  1.03535e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3515  CDS  NC_008609  3885388  3888252  2865  excinuclease ABC, A subunit  YP_903165  unclonable  6.20303e-05  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3534  CDS  NC_008609  3905316  3906674  1359  transposase, IS4 family protein  YP_903184  unclonable  1.44429e-08  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3566  CDS  NC_008609  3940372  3941325  954  import inner membrane translocase, subunit Tim44  YP_903215  unclonable  2.05074e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3594  CDS  NC_008609  3974034  3975080  1047  rod shape-determining protein MreB  YP_903243  unclonable  2.8278e-09  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3604  CDS  NC_008609  3986997  3987194  198  hypothetical protein  YP_903253  unclonable  1.33707e-11  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3663  CDS  NC_008607  40565  41128  564  nuclease  YP_899508  unclonable  6.41477e-06  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3664  CDS  NC_008607  41908  42561  654  hypothetical protein  YP_899509  unclonable  1.12118e-05  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3682  CDS  NC_008607  62963  63742  780  hypothetical protein  YP_899526  unclonable  1.40139e-05  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3683  CDS  NC_008607  63778  66153  2376  heavy metal translocating P-type ATPase  YP_899527  unclonable  0.00270096  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3751  CDS  NC_008607  127538  128215  678  hypothetical protein  YP_899595  unclonable  1.30592e-05  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3763  CDS  NC_008607  137854  138381  528  membrane-bound metal-dependent hydrolase  YP_899605  unclonable  3.67548e-06  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3764  CDS  NC_008607  138363  138947  585  peptidase M23B  YP_899606  unclonable  3.90707e-06  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3806  CDS  NC_008607  185069  185515  447  MucR family transcriptional regulator  YP_899647  unclonable  6.54618e-06  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Ppro_3859    NC_008609  2117107  2117358  252      unclonable  5.94503e-12  n/a    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>